| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 879,908 | A→G | *304* (TAA→TAG) | gsiD → | glutathione ABC transporter permease GsiD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 879,908 | 0 | A | G | 99.7% | 1193.3 / NA | 342 | *304* (TAA→TAG) | gsiD | glutathione ABC transporter permease GsiD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (88/253); minor base C (0/1); total (88/254) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
AATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAG > NZ_CP025268/879771‑880044 | aTGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTa < 1:9863168/140‑1 (MQ=255) aGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGt < 1:9928639/140‑1 (MQ=255) cTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTg > 1:6326805/1‑140 (MQ=255) cTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTGACGTTTg > 2:1138000/1‑140 (MQ=255) cTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAAATAAAGGATAGTTACGTTTg > 1:5272635/1‑140 (MQ=255) atGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTg < 1:10888399/140‑1 (MQ=255) ggTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaa < 1:10557796/140‑1 (MQ=255) ggTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaa < 1:9415228/140‑1 (MQ=255) ggTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaa < 1:901939/140‑1 (MQ=255) ggTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaa < 1:7753466/140‑1 (MQ=255) gTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaaa < 1:7213690/140‑1 (MQ=255) gTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCGGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGaaa < 2:516366/140‑1 (MQ=255) tATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAgg > 2:8197627/1‑140 (MQ=255) aTCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAggg > 2:4649499/1‑140 (MQ=255) tCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAGATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGt > 1:6070836/1‑140 (MQ=255) tCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAATGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGt > 2:5921554/1‑140 (MQ=255) cgcgCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTa > 1:5813451/1‑140 (MQ=255) cgcgCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTa > 1:9145232/1‑140 (MQ=255) cgcgCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTa > 1:8042024/1‑140 (MQ=255) ccgcATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCa > 2:7596214/1‑140 (MQ=255) cgcATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCAc < 2:2104124/140‑1 (MQ=255) cgcATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCAc > 2:426317/1‑140 (MQ=255) gcATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCAcc < 1:6813849/140‑1 (MQ=255) cATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCt < 1:11133905/140‑1 (MQ=255) tGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTca < 2:6190017/140‑1 (MQ=255) tGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTca < 1:919486/140‑1 (MQ=255) tGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTAATTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTca < 1:2685018/140‑1 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1:7588179/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 2:10633132/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 1:1984145/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 1:1646519/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 2:6679067/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 2:7309042/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAatta < 1:3576338/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGATTATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAattat < 2:7103460/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAattat < 2:5376758/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAattat < 1:8221698/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAattat < 1:1045430/140‑1 (MQ=255) ccGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTg < 2:8719331/140‑1 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ggATCCTAAAATTAAAGTATAGTTAAGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTTATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCgcagc < 2:8944085/140‑1 (MQ=255) gATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCgcagca < 1:11263631/140‑1 (MQ=255) gATCCGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCgcagca > 1:5879337/1‑140 (MQ=255) ccGAAAATTAAAGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAgg > 1:4400875/1‑140 (MQ=255) aaaGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAAtttt < 1:5639461/140‑1 (MQ=255) aGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTg < 2:3056877/140‑1 (MQ=255) aGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTg < 1:6939950/140‑1 (MQ=255) aGGATAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGGAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTg < 1:11338848/140‑1 (MQ=255) aTAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAg < 2:2966796/140‑1 (MQ=255) aTAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAg < 2:8042024/140‑1 (MQ=255) aTAGTTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAg < 2:4793275/140‑1 (MQ=255) | AATGAGGCTCGAGCGGATATGGTTATCGCGCCGCATGTCGCTGTTTTTCCGGCCCTGGCTATTTTTCTGACCGTACTGGCGTTCAATTTGTTGGGCGATGGTTTACGCGATGCGCTGGATCCGAAAATTAAAGGATAATTACGTTTGAATATTGCTTGAAAGGGTAATCACCTCACAGGAAATTATTGCCCTAAGCAAGTGTTGTAACTTTCTGCTGATTTTGTAGAATCGGGTAATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAG > NZ_CP025268/879771‑880044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |