| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,211,261 | A→G | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 → | DUF4222 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,211,261 | 0 | A | G | 99.9% | 3211.7 / NA | 917 | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 | DUF4222 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (444/472); minor base T (1/0); total (445/472) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 919 total aligned reads displayed.
TCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAA > NZ_CP025268/1211124‑1211397 | cAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAgg > 1:2264760/1‑140 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 1:3843264/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 1:7230620/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 2:5859092/140‑1 (MQ=255) aaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCAGTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAAGGCGTCAGCCCGCTCGACCCGTTTCGTCGTCAATTCAGGGCAAGAGAggtg > 2:6196731/1‑139 (MQ=255) aGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggtcg < 1:708109/140‑1 (MQ=255) cACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCa > 2:408525/1‑140 (MQ=255) aCTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCAt > 2:5573854/1‑140 (MQ=255) cTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAAAGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCACGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATg < 2:3652818/140‑1 (MQ=255) cGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGc > 2:9183252/1‑140 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gTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTaa > 1:762973/1‑140 (MQ=255) tCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAAc < 2:8411594/140‑1 (MQ=255) tCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAAc < 2:496540/140‑1 (MQ=255) agagTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGGTGCGTCGTAAATTCAGGGACCTGGAGGTCGGTCCTGAGCACTCAAGTAACCg > 2:9681731/1‑140 (MQ=255) gagTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCgg < 1:9653199/140‑1 (MQ=255) gagTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCgg < 2:6379873/140‑1 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ccGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGtt > 2:437244/1‑140 (MQ=255) gAAACACACCGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTgcg < 2:10081099/140‑1 (MQ=255) gAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTgcg < 1:6755428/140‑1 (MQ=255) gAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTgcg < 2:10919552/140‑1 (MQ=255) gAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTgcg < 2:523816/140‑1 (MQ=255) caACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCAt < 1:980367/140‑1 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(MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg > 2:3853320/1‑140 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:5573854/140‑1 (MQ=255) tttCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACg < 1:6538830/140‑1 (MQ=255) tcgtcgTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGaa > 1:2152148/1‑140 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 1:8737332/140‑1 (MQ=255) tcgtAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGgt < 1:10188604/140‑1 (MQ=255) tCAGGGAACTAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTGATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGcgg < 2:10252500/140‑3 (MQ=255) aGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGc > 1:2920735/1‑140 (MQ=255) aGGGAAATAGAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGc > 1:4785649/1‑140 (MQ=255) aTAGAGGTCGGTCATGAGCACTGAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCaa > 2:5753455/1‑140 (MQ=255) | TCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCAA > NZ_CP025268/1211124‑1211397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |