| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,588,591 | A→G | L63S (TTG→TCG) | safA ← | two‑component system connector SafA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,588,591 | 0 | A | G | 93.0% | 459.8 / 19.2 | 156 | L63S (TTG→TCG) | safA | two‑component system connector SafA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/2); new base G (94/51); total (103/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
ATGTTAGCGTTGAAGGCATGATGAATAAATATAACAGAACAAACGAGCGACATTTTATCTCCTTAAAACAATAAAGTTTTTATCGATACTTTTTTAACATTTCATATTTATAATTTGCTGTTTGTTTTCAGCCTTGCAAACTATTGATAATGAAATGTGTAAGATCTCTTGCAATGCGACCCATTTCTGAAATACTCAGCTGATCAATTGCCGAAAAAATGGCTATCAACGTAAGTGTCAGTAATAAGACAACCACAATTGCAGACATGATTTC > NZ_CP025268/1588454‑1588727 | aTGTTAGCGTTGAAGGCATGATGAATAAATATAACAGAACAAACGAGCGACATTTTATCTCCTTAAAACAATACAGTTTTTATCGATACTTTTTTAACATTTCATATTTATAATTTGCTGTTTGTTTTCAGCCTTGCgaa < 1:593499/140‑1 (MQ=255) ggCATGATGAATAAATATAACAGAACAAACGAGCGACATTTTATCTCCTTAAAACAATAAAGTTTTTATCGATACTTTTTTAACATTTCATATTTATAATTTGCTGTTTGTTTTCAGCCTTGCGAACTATTGATAATGaa < 2:6244378/140‑1 (MQ=255) ggCATGATGAATAAATATAACAGAACAAACGAGCGACATTTTATCTCCTTAAAACAATAAAGTTTTTATCGATACTTTTTTAACATTTCATATTTATAATTTGCTGTTTGTTTTCAGCCTTGCGAACTATTGATAATGaa < 1:7408784/140‑1 (MQ=255) atgatgAATAAATATAACAGAACAAACGAGCGACATTTTATCTCCTTAAAACAATAAAGTTTTTATCGATACTTTTTTAACATTTCATATTTATAATTTGCTGTTTGTTTTCAGCCTTGCGAACTATTGATAATGAAAtg > 2:3745517/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |