Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,661,562 | A→G | *187* (TAA→TAG) | speG → | spermidine N1‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,661,562 | 0 | A | G | 99.5% | 2061.6 / NA | 628 | *187* (TAA→TAG) | speG | spermidine N1‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (305/318); minor base T (1/2); total (306/322) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 628 total aligned reads displayed.
GTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAACATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACAT > NZ_CP025268/1661425‑1661695 | gTTGACGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 2:5048885/140‑1 (MQ=255) gTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 1:6802566/140‑1 (MQ=255) gTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 1:10039532/140‑1 (MQ=255) gTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 2:4826738/140‑1 (MQ=255) gTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATtaataa < 1:6258162/140‑1 (MQ=255) aTGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCAGGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAatcgat > 1:5880283/1‑140 (MQ=255) tGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAatcgatc > 1:4997502/1‑140 (MQ=255) gCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAatcgatcg > 2:9874723/1‑140 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTTAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 2:10590437/140‑1 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa > 2:6873336/1‑140 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 1:5229892/140‑1 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 1:5146987/140‑1 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 1:7433192/140‑1 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 1:7926790/140‑1 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 1:8532965/140‑1 (MQ=255) cTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 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(MQ=255) aaTATCGTAATGCCCTTCGCCTGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACACAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTCATAATACTCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCgg > 1:11061574/1‑139 (MQ=255) tAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACACAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcgg < 2:238071/140‑1 (MQ=255) tAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAATACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcgg > 1:4256838/1‑140 (MQ=255) tAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcgg > 1:9792787/1‑140 (MQ=255) tAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcgg > 1:4784052/1‑140 (MQ=255) aaTGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACCCCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcggc < 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aaGCCGACCGCACAAGAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGct < 2:5967140/140‑1 (MQ=255) aaGCCGACCGCACAAGAGCATTAATAATAATCGATCGTATGTTTGAGGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGct < 2:8641130/140‑1 (MQ=255) aGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGctc > 2:3723942/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 2:7460767/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 1:5675355/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 1:125381/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 1:8949089/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 1:1534133/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtt > 1:8146673/1‑140 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCGTCATCTACAATGATTAGCTGTCAGTCCACCGGATTTGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGtg > 2:2900997/1‑139 (MQ=255) cGCACACTAGCATTAATAATAATCGATCGTATATATGCTGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTATTa < 2:7803186/140‑1 (MQ=255) | GTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAACATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACAT > NZ_CP025268/1661425‑1661695 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |