Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,713,981 | C→T | P8S (CCC→TCC) | rsxD → | electron transport complex subunit RsxD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,713,981 | 0 | C | T | 99.5% | 2956.9 / NA | 779 | P8S (CCC→TCC) | rsxD | electron transport complex subunit RsxD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (323/451); minor base G (2/2); total (325/454) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 797 total aligned reads displayed.
AGGCTAATGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCCCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTT > NZ_CP025268/1713844‑1714115 | ggCTAATGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGctccc > 1:599354/1‑140 (MQ=255) tAATGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCtt < 1:8675182/140‑1 (MQ=255) tAATGCGGAACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCtt < 1:5591249/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:10197035/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 2:5509256/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:3140956/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 2:8917945/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:3016627/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 2:8514280/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:5202170/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGCTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:10646327/140‑1 (MQ=255) tGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTtata > 1:4803000/1‑140 (MQ=255) tGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCGtata > 1:1123281/1‑140 (MQ=255) gTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCa < 2:11279580/140‑1 (MQ=255) tACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGTTATTCAGAAAAGATAGATCCCCATATACCCaa > 1:8472470/1‑139 (MQ=38) tACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCAt > 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cAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAAc < 1:2818421/140‑1 (MQ=255) cAGAAGAACAGGATGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAACCGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAAc < 2:9212810/140‑1 (MQ=255) gaagaaCAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCa < 2:6218297/140‑1 (MQ=255) aCAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGcc > 2:2119289/1‑140 (MQ=255) aCAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGATGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGcc > 2:5782864/1‑140 (MQ=255) aGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGACGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAg < 2:10142765/140‑1 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cgcAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCAt < 1:3328265/140‑1 (MQ=255) cgcAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTAATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCAt > 1:10348512/1‑140 (MQ=255) gcAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTACACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATCGCTAGCTCCCCTTATACCCATGACCAGCGCCAGACATCgcgctgt > 1:6999342/1‑137 (MQ=255) cAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTa < 2:4258215/140‑1 (MQ=255) cAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTa < 1:1159693/140‑1 (MQ=255) cAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTa < 2:1137006/140‑1 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tATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAg < 2:6680745/140‑1 (MQ=255) tATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAg < 1:9542144/140‑1 (MQ=255) tATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAg > 2:4449015/1‑140 (MQ=255) cccGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTg < 2:4735882/140‑1 (MQ=255) cccGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTg < 1:6847238/140‑1 (MQ=255) cgcTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGCCGGTTGTAAACGAGGACTAACTGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCGTATTCCCATATCCAGCGCCAGACATCGCGGCTGAGGCTGTTGGGGTTGCTCGCGGCCGTGCCAg > 2:8074556/1‑140 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tGTAAACGAGGACTAAATCGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCGTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTGGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGACTCGCAGCGCAACTGTGGTGTTTTGGTTggg > 1:2219511/1‑140 (MQ=255) gTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTgggg < 2:3805833/140‑1 (MQ=255) gTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTgggg < 1:5751766/140‑1 (MQ=255) gTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTgggg < 2:1061168/140‑1 (MQ=255) tAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGt > 1:5324273/1‑140 (MQ=255) aaaCGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTa < 2:7446716/140‑1 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tATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTg > 1:10446227/1‑140 (MQ=255) aGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGc < 1:1768677/140‑1 (MQ=255) gtaTAGCTTGCTCCCCTTATCCCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCTTTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCa < 1:9428977/138‑1 (MQ=255) gAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCa < 1:7091163/140‑1 (MQ=255) gAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCa < 1:8232795/140‑1 (MQ=255) aaTAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACGGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCAt > 1:3239405/1‑140 (MQ=255) agctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg > 1:3605708/1‑140 (MQ=255) agctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg > 1:8910187/1‑140 (MQ=255) gctagcTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGTGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGt < 2:2631824/140‑1 (MQ=255) ctagcTCCCCTTATCCCCATAACCAGCGCCAGACATCGCTCATTAGGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGACTCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGtt < 2:9474730/140‑1 (MQ=255) ctagcTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCAGCGGtt > 2:10327272/1‑140 (MQ=255) | AGGCTAATGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCCCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTT > NZ_CP025268/1713844‑1714115 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |