| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,747,394 | A→G | intergenic (+14/+26) | cfa → / ← ribE | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase/riboflavin synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,747,394 | 0 | A | G | 99.6% | 1664.5 / NA | 481 | intergenic (+14/+26) | cfa/ribE | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase/riboflavin synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (249/230); minor base T (1/1); total (250/231) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 481 total aligned reads displayed.
CTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGC > NZ_CP025268/1747257‑1747530 | cTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcc < 2:535107/140‑1 (MQ=255)cTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcc < 1:9512936/140‑1 (MQ=255) ttAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcccc < 2:2238581/140‑1 (MQ=255) ttAAACGAATGTTTACCGAGTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGGTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcccc < 2:8512304/140‑1 (MQ=255) ttAAACGAATGTTGACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGcccc < 1:10101508/140‑1 (MQ=255) tAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGccccc > 2:3342836/1‑140 (MQ=255) tAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGccccc > 2:4763331/1‑140 (MQ=255) aaaCGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCct > 2:6633802/1‑140 (MQ=255) aaTGATTACCTATTAACTGAATGCCTGTGCAGGAGCTTACCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGAGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCg < 1:3298812/140‑1 (MQ=255) aTGTTTACCTATTATCAGAATGCATGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCAAGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCgg > 1:2807972/1‑140 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1:2560618/1‑140 (MQ=255) ttatCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCa > 1:3091835/1‑140 (MQ=255) gtatCTGAATGCCTGGGCAGGTGCTGACCGCGCCCGTGCGCTTCAGCTCTGGCAGGTCGTGGTGGCACGCGGTGTAGAAAGGGGCCTTCGAGTGGCTCGCTATAGGCGATACTCTCGCCCAGTCGCCGGGGGCgcgtgct > 2:6113621/2‑134 (MQ=255) tatCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAg > 1:4058778/1‑140 (MQ=255) tatCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGAGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAg > 2:8599583/1‑140 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCTGGGGCGATTTCAGa > 2:9755744/1‑140 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa > 1:3968839/1‑140 (MQ=255) atCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGGCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTCTTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGa > 2:10286987/1‑140 (MQ=255) gAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAg < 1:1768584/140‑1 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg > 2:2483534/1‑140 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg > 2:2362840/1‑140 (MQ=255) aaTGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAgg > 1:7333545/1‑140 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ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAg > 1:10002709/1‑140 (MQ=255) ggCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAg > 1:5411886/1‑140 (MQ=255) ccTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAggt > 1:7555527/1‑138 (MQ=255) gTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGAt < 2:5572897/140‑1 (MQ=255) tGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATc < 2:5472485/140‑1 (MQ=255) gCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGa > 2:2793738/1‑140 (MQ=255) gCTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGa > 1:2205589/1‑140 (MQ=255) cTCGCTAAAGGCTATTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGAt < 1:6806676/140‑1 (MQ=255) aTTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGCTCGATTTCAATGTTGAcg > 1:3743812/1‑140 (MQ=255) aTTCTATCGCCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGCTCGATTTCAATGTTGAcg > 1:6289312/1‑140 (MQ=255) | CTTTAAACGAATGTTTACCTATTATCTGAATGCCTGTGCAGGTGCTTTCCGCGCCCGTGATATTCAGCTCTGGCAGGTCGTGTTCTCACGCGGTGTTGAAAACGGCCTTCGAGTGGCTCGCTAAAGGCTATTCTATCACCCCCTCTCCGGGGGCGATTTCAGATCAGGCTTCTGTGCCTGGTTGATTCATGGCATTTTCTCGTGCCGCCAGCACACGTTCTACCGTATCTACCACTGCCTGAGTTTGTGGATCGATTTCAATGTTGACGCGTGC > NZ_CP025268/1747257‑1747530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |