Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,867,819 | C→T | R78R (CGC→CGT) | gapA → | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,867,819 | 0 | C | T | 99.6% | 2621.7 / NA | 683 | R78R (CGC→CGT) | gapA | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 683 total aligned reads displayed.
AACGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGCGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCTA > NZ_CP025268/1867682‑1867955 | ccTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCgg > 1:2592480/1‑140 (MQ=255) tGTTAGACGCTGATTACTTGGCATACATGCTTAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTGACCGCTGAACGTGATCCGGCt < 2:11131234/140‑1 (MQ=255) gTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGACCGTGATCCGGCTa > 1:9232725/1‑140 (MQ=255) gTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTa > 2:8022665/1‑140 (MQ=255) tAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAAc < 1:6886517/140‑1 (MQ=255) cTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGaaa > 1:1658714/1‑140 (MQ=255) tGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCCCGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAAt > 1:3173671/1‑140 (MQ=255) tGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAAt < 2:9597050/140‑1 (MQ=255) tGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTACACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCTCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAAt > 2:2880537/1‑140 (MQ=255) aTTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAATACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATgg > 1:3634528/1‑140 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ccGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGt < 1:1536430/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:7450669/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:712095/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:5191278/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:2312678/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:10051689/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGAGATCAGGCTAACCAGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGTCTGACGAAACTGCACGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:2193199/140‑1 (MQ=255) tGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGt < 1:4915420/140‑1 (MQ=255) tGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAAGGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGGTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGt < 2:9444112/140‑1 (MQ=255) gAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTc > 1:11263796/1‑140 (MQ=255) aaCGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCt < 2:4955490/140‑1 (MQ=255) | AACGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGCGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCTA > NZ_CP025268/1867682‑1867955 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |