| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,984,228 | T→C | *475* (TAA→TAG) | otsA ← | alpha,alpha‑trehalose‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,984,228 | 0 | T | C | 99.6% | 1963.9 / NA | 562 | *475* (TAA→TAG) | otsA | alpha,alpha‑trehalose‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (267/293); minor base A (1/1); total (268/294) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 569 total aligned reads displayed.
AGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTT > NZ_CP025268/1984091‑1984364 | gCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 1:12247/1‑140 (MQ=255) gCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 2:6645569/1‑140 (MQ=255) gCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGAGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTAc > 2:7379209/1‑140 (MQ=255) catcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACg < 1:9770686/140‑1 (MQ=255) atcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGc > 2:2402607/1‑140 (MQ=255) atcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGc < 1:5802025/140‑1 (MQ=255) atcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGc > 2:6924359/1‑140 (MQ=255) tcatTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCa > 1:7545061/1‑140 (MQ=255) catTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCaa < 2:9345142/140‑1 (MQ=255) catTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCaa > 1:8172884/1‑140 (MQ=255) catTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCaa > 2:11268870/1‑140 (MQ=255) aTTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTgg > 1:10407754/1‑140 (MQ=255) ttGGTGATGTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGAGAGGTCGATGTGCAGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGaa < 2:6298497/140‑1 (MQ=255) gTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAgg > 2:7569608/1‑140 (MQ=255) aTTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAg < 1:4049625/140‑1 (MQ=255) aTTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAg < 1:4202281/140‑1 (MQ=255) aTTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAg < 1:5072494/140‑1 (MQ=255) aatcacaGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGAAAAACCACACCAACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCgct > 1:9348867/1‑140 (MQ=255) caGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTgg > 1:11047978/1‑140 (MQ=255) ataactCTTTTCGCCGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGctgctg > 1:11333034/6‑140 (MQ=255) ttCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCcgcg < 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tCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGaa < 1:2646769/140‑1 (MQ=255) tCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGaa < 2:8387818/140‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTa < 1:6222375/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:5805478/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt < 2:5125819/140‑1 (MQ=255) gCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTAt > 1:8981197/1‑140 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(MQ=255) agaTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACg < 2:10271314/140‑1 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 1:4622922/1‑140 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 1:8443671/1‑140 (MQ=255) aTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTc > 1:8831164/1‑140 (MQ=255) ttAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTcc < 1:9885480/140‑1 (MQ=255) aaCCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAg < 2:4940117/140‑1 (MQ=255) aaCCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAg < 2:10103290/140‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCa < 2:3528866/140‑1 (MQ=255) gCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACt < 1:8063964/96‑1 (MQ=255) gCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCAtt > 2:2555568/1‑140 (MQ=255) gCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCAtt > 1:533012/1‑140 (MQ=255) | AGCATCATTTCGATTTGGTGATTTGCGGTAATCACAATCACAGTTTCTTTTCG‑CGAGCATCCTGCTCGGCGAAAAGAGTTATTGCCTCAAGTGAGGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGCTGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTT > NZ_CP025268/1984091‑1984364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |