Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 28,270 | T→C | intergenic (+62/‑105) | rihC → / → dapB | ribonucleoside hydrolase RihC/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 28,270 | 0 | T | C | 99.8% | 2135.8 / NA | 627 | intergenic (+62/‑105) | rihC/dapB | ribonucleoside hydrolase RihC/4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (374/251); minor base A (1/0); total (376/251) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 639 total aligned reads displayed.
GTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATCGC > NZ_CP025268/28134‑28406 | tACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGAGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGt > 2:7816180/1‑140 (MQ=255) ggTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTAt > 2:9142242/1‑140 (MQ=255) ggTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTAt > 1:1570204/1‑140 (MQ=255) ggTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTAt > 2:5745695/1‑140 (MQ=255) gTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATc > 2:9814060/1‑140 (MQ=255) gTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCCCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATc > 1:9183462/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 2:5649211/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:4851189/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:7479498/1‑140 (MQ=255) gCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCAtt > 1:9383881/1‑140 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tgAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAg > 1:871231/1‑140 (MQ=255) aaaGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCg > 1:7248220/1‑140 (MQ=255) ccAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggc < 1:4260663/140‑1 (MQ=255) cagcagTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggct < 1:4062350/140‑1 (MQ=255) agcagTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggctg > 1:6836574/1‑140 (MQ=255) gcagTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggctgg < 1:454376/140‑1 (MQ=255) gcagTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTtggctgg < 1:2866685/140‑1 (MQ=255) agTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTggcg < 1:5699636/140‑1 (MQ=255) gtgggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTggcgg > 2:6017242/1‑140 (MQ=255) tgggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTggcggc > 2:458727/1‑140 (MQ=255) tgggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTggcggc < 2:11078062/140‑1 (MQ=255) tgggtggCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTggcggc > 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2:7473076/1‑140 (MQ=255) tCATGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTGATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAATTTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGc > 1:6526597/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCaa > 2:198638/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCaa > 2:5479952/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCaa > 2:4455345/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCaa > 1:4395478/1‑140 (MQ=255) aTGCCTTTCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGATATGCATGATGCaa > 2:6936416/1‑140 (MQ=255) ggcTTTCGCTGATATCCCGCCCTGTTGCTCAGTACTTTCTCATTAGCAGAGGGTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGGGCTGGTTACTCGGAAAACGGTCTATGCAGATTAAGCCAAGAGACTCGCTCTGCATGTTGCAGAc > 2:5313774/3‑140 (MQ=255) tCACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCcg > 1:7618482/1‑140 (MQ=255) cACTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCcgc > 2:5219605/1‑140 (MQ=255) aCTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCcgcg < 2:4958715/140‑1 (MQ=255) cTGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGt > 1:7987729/1‑140 (MQ=255) tGATATCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGtt < 2:7227781/140‑1 (MQ=255) atCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCa > 1:9592463/1‑140 (MQ=255) atCCCTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCa < 1:10199275/140‑1 (MQ=255) ccTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATcg > 2:8339060/1‑140 (MQ=255) ccTCCCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATcg < 2:3135443/140‑1 (MQ=255) | GTACAGGTGGCATTGGATCTGGATGTGAAAGGCTTCCAGCAGTGGGTGGCTGAGGTGCTGGCTCTGGCGTCGTAACCTGTCACATGTTATTGGCATGCAGTCATTCATCGACTCATGCCTTTCACTGATATCCCTCTCTGTTTATCATTAATTTCTAATTATCAGCGTTTTTGGCTGGCGGCGTAGCGATGCGCTGGTTACTCTGAAAACGGTCTATGCAAATTAACAAAAGAGAATAGCTATGCATGATGCAAACATCCGCGTTGCCATCGC > NZ_CP025268/28134‑28406 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |