| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,482,126 | G→A | V82V (GTG→GTA) | dsdX → | D‑serine transporter DsdX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,482,126 | 0 | G | A | 99.0% | 2558.9 / NA | 674 | V82V (GTG→GTA) | dsdX | D‑serine transporter DsdX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (410/256); minor base C (4/3); total (414/260) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 674 total aligned reads displayed.
AGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTGTCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCCTC > NZ_CP025268/2481989‑2482262 | aGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATc < 2:4983468/140‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATcc > 1:995166/1‑140 (MQ=255) tcttcGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCggg < 2:1631867/140‑1 (MQ=255) ttcGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGc < 1:5841135/140‑1 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga < 1:10653700/140‑1 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga > 1:7033006/1‑140 (MQ=255) aCGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCagaaag > 2:7881106/1‑140 (MQ=255) gatgatGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCagaaagaa < 1:9229135/140‑1 (MQ=255) atgatgGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAAt < 2:5679390/140‑1 (MQ=255) aagatgGGCATGGGGCCACTGGATATGGAACATGCGATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAAt < 1:6353423/138‑1 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cACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCaa > 2:6104938/1‑140 (MQ=255) aCTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAAc > 1:5233960/1‑140 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg > 2:11004039/1‑140 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg > 2:2639575/1‑140 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg > 2:9200909/1‑140 (MQ=255) tGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGc > 1:4596327/1‑140 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tGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCttt > 1:2297972/1‑140 (MQ=255) aTTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGt < 2:8325035/140‑1 (MQ=255) aTTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGt < 1:7223925/140‑1 (MQ=255) aTTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGt > 2:4817796/1‑140 (MQ=255) ttGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGtt > 1:2425957/1‑140 (MQ=255) gAAAGTGGAATTGGCGGCACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTAACGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTACAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGa < 2:6977188/140‑1 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ggCGGAACGCTGGGGGTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGt < 1:4971371/140‑1 (MQ=255) aaCGCTGGGGTTCCCCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTgg < 2:1057109/140‑1 (MQ=255) aCGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGt < 2:4114363/140‑1 (MQ=255) tGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGc < 1:1638350/140‑1 (MQ=255) tGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGc < 2:2192772/140‑1 (MQ=255) gggTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCt > 2:530903/1‑140 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tGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGcgtc < 1:8646747/140‑1 (MQ=255) ggAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGcgtcgt > 1:2717907/1‑140 (MQ=255) ggAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGcgtcgt > 2:4583043/1‑140 (MQ=255) ggAAAAATGATGGAAGAATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGcgtcgt > 1:2063650/1‑140 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCCGTTGATTTCATTTTGGTGATGGTTGGCCTGAGTTGTGGCATCTCGCTGTTGGTTGAAGTGGGCGTCGGGCTag > 2:10032989/1‑139 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTAt > 1:10339322/1‑140 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTAt > 1:2949175/1‑140 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTAt > 2:10417553/1‑140 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTAt > 2:1325281/1‑140 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTAt > 2:3630567/1‑140 (MQ=255) aaTGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTAt > 1:10941602/1‑140 (MQ=255) | AGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTGTCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCCTC > NZ_CP025268/2481989‑2482262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |