| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 2,710,506 | T→C | S215G (AGC→GGC) | lepA ← | translation elongation factor 4 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,710,506 | 0 | T | C | 99.1% | 2823.9 / NA | 821 | S215G (AGC→GGC) | lepA | translation elongation factor 4 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (479/332); minor base A (3/4); total (484/337) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 821 total aligned reads displayed.
ACATACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCTGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGC > NZ_CP025268/2710369‑2710642 | agccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAAt < 2:4290678/140‑1 (MQ=255) agccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAAt < 1:7358901/140‑1 (MQ=255) gccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATa < 1:8678654/140‑1 (MQ=255) gccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATa > 1:1883056/1‑140 (MQ=255) ccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATAc > 1:2916887/1‑140 (MQ=255) ccagccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATAc > 2:9131698/1‑140 (MQ=255) ccagccTACTACGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGAGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCTCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATAc > 2:11222460/1‑140 (MQ=255) agccTACTTCGCCCCATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCAGGTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACACATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGGGCCGTTTGTAATCCgg < 2:4883698/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGTGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:7764130/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:9374574/140‑1 (MQ=255) agccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACgg < 1:7553752/140‑1 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 1:6828802/1‑140 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 1:4476675/1‑140 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa < 2:8274406/140‑1 (MQ=255) gccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGa > 1:1052435/1‑140 (MQ=255) ccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGAt < 2:1955276/140‑1 (MQ=255) ccTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGAt > 1:3739239/1‑140 (MQ=255) aCTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTAACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAg > 2:6036223/1‑140 (MQ=255) aCTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTGATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAg < 2:1728848/140‑1 (MQ=255) cTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCAGTTTTTAATACGGATAAGt < 1:171991/140‑1 (MQ=255) ttCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGTCTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTg > 2:7514190/1‑140 (MQ=255) ttCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTg > 1:9968383/1‑140 (MQ=255) ttCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTGTTTAATACGGATAAGTg > 2:3989495/1‑140 (MQ=255) ccACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaac < 2:6835640/140‑1 (MQ=255) cacaTTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaaca > 2:7341642/1‑140 (MQ=255) acaTTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATCGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAaacaa < 1:4995766/140‑1 (MQ=255) aTTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACg < 2:5571127/140‑1 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1:518121/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 1:5588322/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 2:9345622/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 2:10836040/1‑140 (MQ=255) tGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTg > 1:9535752/1‑140 (MQ=255) gCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGt < 1:11296371/140‑1 (MQ=255) 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1:8835780/140‑1 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 1:8218959/140‑1 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 1:964910/140‑1 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 1:419572/140‑1 (MQ=255) tACGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCgaga < 2:8817919/140‑1 (MQ=255) aCGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGaa > 2:10957064/1‑140 (MQ=255) aCGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGGTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGaa > 2:3815940/1‑140 (MQ=255) cGCAGGGTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAAc < 1:6415019/140‑1 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTATTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGACTGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:2497346/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:8489930/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:10622424/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCAGCAACGGGCCGTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:4009376/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAAAGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCt > 1:4362681/1‑140 (MQ=255) gTGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTg < 1:3551292/140‑1 (MQ=255) gTGCCGTCTTTAATACGGATAAGTGAAACACCGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATGAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTg < 2:8513217/140‑1 (MQ=255) tGCCGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCGTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGc > 1:2323536/1‑140 (MQ=255) | ACATACGAGCCAGCCTACTTCGCCACATTTCAGTTCAGTGCGGTCAACCTGTTTCGGCGTGAAGATGCCCAGACGGTCGGCGTTATAGGTCTGCCCGGTACTCATGACTTTCACTTTGTCGCCCTTACGCAGGGTGCTGTTTTTAATACGGATAAGTGAAACAACGCCCAGGTAGTTGTCGAACCATGAGTCGATAATTAGTGCCTGCAACGGGCCTTCCGGATCGCCTTCCGGCGGCGGAATGTCGCGCACCAGACGTTCGAGAACGTCCTGC > NZ_CP025268/2710369‑2710642 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |