| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,792,259 | A→G | pseudogene (1841/2252 nt) | CXP41_RS24390 → | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,792,259 | 0 | A | G | 99.7% | 1054.3 / NA | 302 | pseudogene (1841/2252 nt) | CXP41_RS24390 | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (79/222); minor base T (0/1); total (79/223) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
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2:7060813/1‑140 (MQ=255) cctcgcgTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTTCCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGtt < 2:9542645/137‑1 (MQ=255) cACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTc < 1:4463975/140‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTAc > 1:325162/1‑37 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTAc < 2:325162/37‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGACTATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCttt > 2:10946279/1‑140 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCttt > 2:2060120/1‑140 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCttt > 2:1620345/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATACAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTgggg < 1:3890655/140‑1 (MQ=255) gCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTCTCAGCAGCTCTACAATGAAGTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGa < 2:3870044/140‑1 (MQ=255) gCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGa < 2:11168104/140‑1 (MQ=255) | GATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAACTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGAT > NZ_CP025268/2792122‑2792394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |