| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 261,616 | A→G | H354R (CAT→CGT) | proA → | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 261,616 | 0 | A | G | 99.9% | 2831.0 / NA | 810 | H354R (CAT→CGT) | proA | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (469/339); minor base T (0/1); total (470/340) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 810 total aligned reads displayed.
TATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261480‑261752 | cGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTa < 1:5322953/140‑1 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGCTGCCATCGCCCCTATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACg < 1:3407938/140‑1 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACg > 1:1888331/1‑140 (MQ=255) tGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACg > 2:10111272/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cgcAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGccc > 1:8370003/1‑140 (MQ=255) cgcAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGAGTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGGTGGGTCTGGGTGCGGACGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGccc > 2:6513639/1‑140 (MQ=255) cgcAACGCCCAGCGTTTTGGTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTGTTCGTTAACGCCTCTACTCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTGTGGTCTGGGTGCCGTAGTGGCGGTCAGAACACACTCTCTCCACGCGCGTGGcac > 2:9518197/1‑138 (MQ=255) cAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCaa < 2:7990816/140‑1 (MQ=255) aCGCCCCGCGTGTGGTTAACGACGGGGAGACGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCGACGCGTTGTCCCCCCGGCGGCCAGTATGGGCTGGGTGCTGAAGTGGCGGTACGCTCCCTAAAACTCCCAGCGCGTGGcccccgg < 2:10260382/140‑5 (MQ=255) aCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATg > 2:6324067/1‑140 (MQ=255) aCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATg < 1:7247931/140‑1 (MQ=255) ccAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGc > 2:1360736/1‑140 (MQ=255) ccAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGc > 2:8949014/1‑140 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTTGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTg < 2:3711570/140‑1 (MQ=255) | TATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261480‑261752 |
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |