| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,038,677 | T→C | *578* (TAA→TAG) | recJ ← | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 3,038,677 | 0 | T | C | 99.4% | 2118.8 / NA | 614 | *578* (TAA→TAG) | recJ | single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (329/281); minor base A (2/2); total (331/283) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 614 total aligned reads displayed.
TCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038540‑3038813 | tCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTa > 1:2319633/1‑140 (MQ=255) cGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTaaa < 1:3945985/140‑1 (MQ=255) cGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTAGTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTaaa < 2:5278079/140‑1 (MQ=255) gTGAGGTCCTGAATGCGATTATTGACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGCTAAAt < 2:3862567/140‑1 (MQ=255) 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1:1876180/137‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGCTCTGGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTGGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 2:11150361/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTTATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACATCGCGCACGCCGTAATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 2:6084840/1‑140 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 1:7968150/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt > 1:9141190/1‑140 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 1:4843948/140‑1 (MQ=255) agaagaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACAtt < 1:2822416/140‑1 (MQ=255) agaTGACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTaaa > 1:9677760/1‑140 (MQ=255) gACGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCCGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCa > 1:9877253/1‑140 (MQ=255) aCGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGTAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCaa < 2:3470593/140‑1 (MQ=255) aCGCTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCaa < 2:6613418/140‑1 (MQ=255) | TCCGTGAGGTCCTGAATGCGATTATTTACCGGATTAATTTCAAACATGGTCTGATTTCTTTTATTGAGCTAGTCAAAATGCGGTGATAAGAGCGGGATTGTACCCAATCCACGCTCTTTTTTATAGAGAAGATGACGTTAAATTGGCCAGATATTGTCGATGATAATTTGCAGGCTGCGGTTGCCGCGAAACTCGTTGATATCGAGCTTATAAGCCAGTTGCACTTCGCGCACGCCGTTATCCGGCCAGAGGGCGGTATCGACATTAAAAGCAA > NZ_CP025268/3038540‑3038813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |