| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,081,156 | C→T | S3N (AGC→AAC) | cmtA ← | PTS mannitol transporter subunit IICB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,081,156 | 0 | C | T | 99.5% | 2083.2 / NA | 562 | S3N (AGC→AAC) | cmtA | PTS mannitol transporter subunit IICB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (202/355); minor base A (0/3); total (203/359) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 563 total aligned reads displayed.
ATGTTCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGCTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAA > NZ_CP025268/3081020‑3081291 | ttagTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:10129764/137‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:3910678/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 2:9339172/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 1:2606304/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 1:616317/140‑1 (MQ=255) ttCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCa < 1:1472019/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 1:1746263/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 2:83715/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 1:836924/140‑1 (MQ=255) tAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAAAGCAGTAATAAAACCCCAGGCTATAATAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGACATAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTACCACGAGCAGACTTGTTTTCCataaga < 2:2845661/140‑3 (MQ=255) tAGGCAGACAAACGTTTTGAATAAATAACGCATTAATAAAACCCCATTCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCATTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCAAGAGCAGACTTGTTTTCCataata < 2:7961831/140‑1 (MQ=255) gCAGCCACCCGGTGGTAAGAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 2:10729489/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 2:11020488/140‑1 (MQ=255) gCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAAtatta < 1:7461807/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 2:8218640/140‑1 (MQ=255) aGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATc < 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ggAATACATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgaga < 2:7135937/140‑1 (MQ=255) ggAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgaga < 2:4845920/140‑1 (MQ=255) ggAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgaga < 2:7867252/140‑1 (MQ=255) ggAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgaga < 1:5463954/140‑1 (MQ=255) ggAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGgaga > 2:1192670/1‑140 (MQ=255) aataaCGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATCAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCACAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTaa < 2:1300606/140‑1 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ggggATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGatgatg < 2:7586955/140‑1 (MQ=255) ggggATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGatgatg < 2:1030344/140‑1 (MQ=255) ggggATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGGAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGatgatg < 1:6241102/140‑1 (MQ=255) gACCATTGCAGTCNAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTa > 1:9715223/1‑140 (MQ=255) gACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCcgc < 1:7076529/98‑1 (MQ=255) gACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTa > 1:2301720/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTACTTCAc > 1:5049777/1‑140 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt > 1:3242723/1‑140 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 2:11213148/140‑1 (MQ=255) cACGAGCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACtt < 2:371727/140‑1 (MQ=255) ctaGCAGACTTCTTTTACATAATATTATCCTTTAGATGAGAGAGTAATTATCCGCTGCTTAGAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCGTTTAAGAGTTGCTCGAGTATTTCTTCTGCGCACAGGAATTCACTTaa < 2:4112094/138‑1 (MQ=255) gCAGACTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGc < 2:2240786/140‑1 (MQ=255) gCAGACTTGTTTTCCATAAGATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCAGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGc < 2:4386249/140‑1 (MQ=255) cTTGTTTTCCATCATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGaa < 1:6925753/140‑1 (MQ=255) cTTGTTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGaa < 1:3569697/140‑1 (MQ=255) | ATGTTCGTTAGGCAGCCAACCGGTGGGAATAAATAACGCAGTAATAAAACCCCAGGCAATAAAAGCACCAATATTGGGGATGACCATTGCAGTCAAAAAGCCCCCAAAAGCCTGGACCTTTGCACGAGCAGACTTGCTTTCCATAATATTATCCTGTAGAGGAGAGAGTAATTATCCGCGGCTGATAATGTCCGCTAATTGTTTTTCTGATGATGCTGTTAAGAGTTGTTCGAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAA > NZ_CP025268/3081020‑3081291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |