| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,090,561 | C→T | intergenic (+397/‑27) | metK → / → galP | methionine adenosyltransferase/galactose/proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,090,561 | 0 | C | T | 99.5% | 1495.5 / NA | 399 | intergenic (+397/‑27) | metK/galP | methionine adenosyltransferase/galactose/proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (350/47); minor base G (2/0); total (352/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAACAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGC > NZ_CP025268/3090425‑3090697 | atgatgATATAACTCAATTATTGTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACAACTTGTTACGTCGTCCTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAAcc > 2:11287752/1‑140 (MQ=255) tataACTCAATTATTTTCATGCCCTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATTTGATTTGCTTAACATCTTTTTACGTCGTACTAACCTATCTTAATTAACAATAAAAAATAACCATATTgg > 2:239758/1‑140 (MQ=255) tataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTgg > 1:3849049/1‑140 (MQ=255) tataACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAATAAAAAATAACCATATTgg > 2:1777726/1‑140 (MQ=255) 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1:5363308/1‑140 (MQ=255) ttAATTCTCATTAAAAAATAACCATATTGGAGGGATTCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCTATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGTGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGgt < 1:869785/140‑1 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:2110534/1‑140 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:4901640/1‑140 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:7152743/1‑140 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:6741774/1‑140 (MQ=255) tCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAAt > 2:4083951/1‑140 (MQ=255) tCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGGCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATCTCGGTGTAAt > 2:9129157/1‑140 (MQ=255) caataaAAAATAACCATCTTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGc > 2:10748442/1‑140 (MQ=255) caataaAAAATAACCATATGGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGTTTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGc < 2:10417506/140‑1 (MQ=255) | TTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAACAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGC > NZ_CP025268/3090425‑3090697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |