| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,096,538 | C→T | A283T (GCA→ACA) | yggR ← | type IV pilus twitching motility protein PilT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,096,538 | 0 | C | T | 99.6% | 2133.0 / NA | 561 | A283T (GCA→ACA) | yggR | type IV pilus twitching motility protein PilT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (331/225); total (334/227) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 571 total aligned reads displayed.
CGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGCGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATCCACC > NZ_CP025268/3096402‑3096674 | cGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGCAACGTTATCATCCCCACCGGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTGCCCATCGCGACTCAAATTCCCCACCGCGGGTGAGtt > 2:11225291/1‑140 (MQ=255)cGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGACTCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGtt > 1:9870558/1‑140 (MQ=255)cGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGtt > 1:4634640/1‑140 (MQ=255)cGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGtt > 1:2502707/1‑140 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ccccACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCtttt > 1:10806207/1‑140 (MQ=255) cACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTtgtg > 2:4693126/1‑140 (MQ=255) aCCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGa > 1:335722/1‑140 (MQ=255) aCCTGCTGCCCGGTTTGAAGAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGa < 1:9197392/140‑1 (MQ=255) ctgctgCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACa > 1:4017865/1‑140 (MQ=255) ctgcCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCa < 1:7021271/140‑1 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(MQ=255) tCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGATAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACgggg < 2:4899470/140‑1 (MQ=255) cTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTACACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCt > 2:2074606/1‑140 (MQ=255) cTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCt < 1:1279148/140‑1 (MQ=255) tCGCGCATCAAATACCCCACCGAGGGTGTTATAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCATCCACAGTCTCCACTGCCACCTTTTGAGACAGCACTGCCCGTAAACAGCCAGCCAGTTGATTAAGCACGGGTTCttt > 2:3732593/1‑140 (MQ=255) tCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCttt > 2:5154059/1‑140 (MQ=255) cgcgAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTCCCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCtttt > 2:8604297/1‑140 (MQ=255) aTCAAATTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTg < 1:2110607/140‑1 (MQ=255) aaaTTCCCCACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTgcgc < 2:5703546/140‑1 (MQ=255) cgtCCCCACCGCGGGGGTGTTACTCAGCAATTCAACTAGCGCCACGCGTCCGTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCg < 1:8631666/138‑1 (MQ=255) ccccACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTATACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGaa < 1:8126452/140‑1 (MQ=255) ccccACCGCGGGTGTGATAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGaa < 2:4134806/140‑1 (MQ=255) ccACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAAt < 2:1997943/140‑1 (MQ=255) cACCGCGGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATg > 1:5650581/1‑140 (MQ=255) cgGGTGTGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATcc > 1:3106975/1‑140 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc < 2:7561374/140‑1 (MQ=255) gtgtgtTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATccacc < 2:8708994/140‑1 (MQ=255) | CGTCACAAACGCCCTTCCCCCACCCGGTGCTGATAACTCTGCTGAAACGTTATCATCCCCACCTGCTGCCCGGTTTGAATAACATGCGGTAACTGGTGGGTTTTCCCTTCGCGAATCAAATTCCCCACCGCGGGTGCGTTAATCAGCAATTCAAATAGCGCCACGCGTCCTTCCTGTTTATCCACTTCCAGCTTTTGTGACAGCACTGCCCGTAAACTACCTGCCAGTTGATTACGCACGGGGTCTTTTTCCTGCGCCGGAAATGAATCCACC > NZ_CP025268/3096402‑3096674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |