| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,266,812 | T→C | *313* (TAA→TAG) | tdcA ← | transcriptional regulator TdcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,266,812 | 0 | T | C | 99.6% | 793.8 / NA | 231 | *313* (TAA→TAG) | tdcA | transcriptional regulator TdcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (127/103); minor base G (1/0); total (128/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TCATCAATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAACCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCATACCGCGGCATATTGTGCCACAGGT > NZ_CP025268/3266676‑3266947 | tcatcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTaa < 1:607576/140‑1 (MQ=255)tcatcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTaa > 1:5448796/1‑140 (MQ=255) catcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAAtaactaac < 2:10292856/140‑1 (MQ=255) ctcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAAcc < 1:10652452/139‑1 (MQ=255) atcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAAcc < 2:2012592/140‑1 (MQ=255) aTAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACt < 1:1030954/140‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTc < 1:150330/140‑1 (MQ=255) aGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTc < 2:724513/140‑1 (MQ=255) ccGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTa > 1:8837736/1‑140 (MQ=255) cGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTaa < 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atatTCTTTATTAATCATCTTCGCATGTCTT‑AAATTTGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAATACAGACAGGTTGATTATTTATGTTTAATTAAAATCTATTTACTTTCCATCTTCTATTATTTGCCTTCGTATacac < 2:7614749/140‑1 (MQ=255) atatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTAATTGCCt > 2:5565139/1‑130 (MQ=255) atatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTAATTGCCt < 1:5565139/130‑1 (MQ=255) atatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac < 1:5810816/140‑1 (MQ=255) atatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac < 2:4655110/140‑1 (MQ=255) tatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAACCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACAcc < 1:8198536/140‑1 (MQ=255) 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TCATCAATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATT‑AAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAACCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCATACCGCGGCATATTGTGCCACAGGT > NZ_CP025268/3266676‑3266947 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |