Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 35,374 | C→G | intergenic (‑2/+4) | caiE ← / ← caiD | carnitine operon protein CaiE/crotonobetainyl‑CoA hydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 35,374 | 0 | C | G | 99.9% | 2375.3 / NA | 683 | intergenic (‑2/+4) | caiE/caiD | carnitine operon protein CaiE/crotonobetainyl‑CoA hydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (356/325); minor base A (1/0); total (357/326) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 697 total aligned reads displayed.
CACCACGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGCTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGATACGCTTCTTCTAC > NZ_CP025268/35237‑35509 | accacGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGACCCACCGGACTTAACCCCTCACTGGCGTGATCGCTCACGGTTg > 2:6460176/1‑140 (MQ=255) cacGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGgttgtt > 1:6713790/1‑140 (MQ=255) cacGCAGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGgttgtt > 1:10911678/1‑140 (MQ=255) aGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGt < 2:5981239/140‑1 (MQ=255) aGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGt > 1:7801795/1‑140 (MQ=255) aGTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGt > 2:8232671/1‑140 (MQ=255) aGTGAGGCGAGTGGGCCGAAGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGCGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAAATAACACCTAAAAGGAGAAATAGCTCACGAAAGTTAACGt > 2:8534744/1‑140 (MQ=255) gTGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTc < 2:9126880/140‑1 (MQ=255) tGAGGCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTcc > 1:1451435/1‑140 (MQ=255) ggCGAGTGGGCCGATGTAGACACCGGCTCCCACAATCACATCGCCAATCAAGACGGCACTGGGATGGACAAACGCCGTCGGGTGAACCACCGGAATTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCttt < 2:8870563/140‑1 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(MQ=255) aaTTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCt < 2:6310231/140‑1 (MQ=255) aaTTAACCCCTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCt < 1:9623442/140‑1 (MQ=255) aaCCCCTCAAAGGCGTACTAGCTCACGGGTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCGCTTCCATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGa > 1:983189/1‑140 (MQ=255) cccTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAata < 1:2091190/140‑1 (MQ=255) cccTCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAata < 2:3050641/140‑1 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAg > 2:11078880/1‑140 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAg > 2:10123258/1‑140 (MQ=255) tCAAAGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAg > 1:4733500/1‑140 (MQ=255) aaaGGAGTAATAGATCAAGGTTGTTAACGTCCTTTACACACCGTATCGCGATTCTCGGAAAACGCCAGCTGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAAAACGCCGCTGAGAATATAGCg < 1:3018838/140‑1 (MQ=255) aGGCGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCAAACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGTGTTTCAACACGCCGCTGCGAATATAGCGAt < 1:11076185/140‑1 (MQ=255) cGTAATAGCTCACGGTTGTTAACGTCCTTTCCACACCGGATCGCGCTTCTCGGCCCACGCCAGCGGCCCTTCAATGGCATCTTCCGAATGCAGAACCGATGGATAGAGTTTCAACACGCCGCTCCGAATATAGCGATACg > 2:7138176/1‑140 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |