| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,900,528 | A→G | *196* (TAA→TAG) | cbrC → | PF03691 family colicin E2 tolerance protein CbrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,900,528 | 0 | A | G | 99.6% | 1571.6 / NA | 456 | *196* (TAA→TAG) | cbrC | PF03691 family colicin E2 tolerance protein CbrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (241/211); minor base T (1/1); total (242/214) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 458 total aligned reads displayed.
TTGAAGAAGATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGA > NZ_CP025268/3900392‑3900664 | ttGAAGAAGATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAgtta > 1:653767/1‑140 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 2:2907736/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 1:6753651/140‑1 (MQ=255) gaagaTTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAGTTATTTaa < 2:11078299/140‑1 (MQ=255) 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2:9728266/138‑1 (MQ=255) gATTTTTCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGTCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGc > 2:3594411/1‑140 (MQ=255) tttttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCTGCCTTATTTCTTAAGCTTAACAGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCaa > 2:1269946/1‑140 (MQ=255) tttttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCaa > 1:7507934/1‑140 (MQ=255) tttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca > 1:10841285/1‑140 (MQ=255) tttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca > 1:1947443/1‑140 (MQ=255) tttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca < 2:3377826/140‑1 (MQ=255) tttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca > 1:5373244/1‑140 (MQ=255) tttCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACAGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAaca > 2:9330480/1‑140 (MQ=255) tCGTAGTTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCCTCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACg < 1:4601925/140‑1 (MQ=255) | TTGAAGAAGATTGTGAGAATTTCGGTATTAGAAATTCTGATCTAGCTAAATGCCTGCAAAAGGGTGGTCATTGTCAGGGTTATCTCTTCCGCTGTCTCCACTGCGGCAAGCTGAGACTGTGGGGTGATTTTTCGTAATTATTTAAATAATGAGAACAGGCCGGAGCGTAATTCACACATCCGGCCTTATTTCTTAAGCTTAACCGAGTGCTAATTCTGCGGCAGCGGCTTTATCAGCGATTACCATCAGCGAAGGATGCAGCTGCAACACGGA > NZ_CP025268/3900392‑3900664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |