| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 4,327,077 | G→A | T5I (ACC→ATC) | phnC ← | phosphonate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,327,077 | 0 | G | A | 99.8% | 1791.7 / NA | 465 | T5I (ACC→ATC) | phnC | phosphonate ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (105/358); minor base T (0/1); total (105/360) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 465 total aligned reads displayed.
TTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGGTAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCT > NZ_CP025268/4326940‑4327213 | ttAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATa > 2:1092200/1‑140 (MQ=255)ttAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATa < 1:4203086/140‑1 (MQ=255)ttAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATa < 1:7486291/140‑1 (MQ=255) tGACGTAATAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGTGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 2:1778940/140‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 2:10750122/140‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 2:5028532/140‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 1:4680652/140‑1 (MQ=255) tGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGt < 1:2947333/140‑1 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGc > 1:3985717/1‑140 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGc < 1:1864035/140‑1 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGc < 1:6720712/140‑1 (MQ=255) tAACAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 2:6948511/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 2:6594628/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 1:6218325/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 1:6519088/140‑1 (MQ=255) tAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCa < 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ggATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGc < 2:1323740/140‑1 (MQ=255) ggATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGc < 2:9296569/140‑1 (MQ=255) ggATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGc < 1:7054415/140‑1 (MQ=255) atgtcccGGACCCCGCCGGCCCACGCCGAGCCCCCAGTTCCCCGGGATGACTGGTCAGATCACCCGCATGCAGCGCCTGAAGCTGATTGACGGGTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGCCAACCGTTTGCATGCGGCAGCCt < 2:8551648/135‑1 (MQ=255) aTTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCCCCATTTCACCGTGATGAATGTTCATCTCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGCAGGTATGGGCGAGCTACACGACACGGATAATCGTTGGCAAGATGCAGCCt < 2:819076/140‑1 (MQ=255) aTTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCt < 1:1371467/140‑1 (MQ=255) aTTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAAGGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGCTGCAGCCt < 1:10742758/140‑1 (MQ=255) aTTGTCCTGACCCCGAGTGCCCAAGCAGCGCCACCAGTTCACCGTTATGAATGTTCAGTGCACCCGCAGGCAGCGCCGGATGCTGATTGTAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACTCGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCt < 2:6052079/140‑1 (MQ=255) tCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCt > 1:168211/1‑140 (MQ=255) ggAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTaaa < 1:8611159/140‑1 (MQ=255) aaCCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTaaaaa > 2:6066240/1‑140 (MQ=255) cccGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAg < 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gCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTg < 1:10947732/140‑1 (MQ=255) gCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTg < 2:1207680/140‑1 (MQ=255) gagCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGGTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCg > 1:2067833/1‑140 (MQ=255) gCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGa < 1:4480217/140‑1 (MQ=255) gCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGa > 1:5827637/1‑140 (MQ=255) gCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGa > 2:10089679/1‑140 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(MQ=255) tGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGAATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACggg < 2:2952636/140‑1 (MQ=255) agATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCAAGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACggg < 1:9533327/139‑1 (MQ=255) agATTGAAGGTTTTGGCGAGCGTCTCGACACGGATAATCGTTGGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACggg < 2:7445405/139‑1 (MQ=255) agggAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAAGCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATGATTGGGACGATTTGGTTCATTAAAAGTGACTCACAGAGGAAGAGTGACCGGGaa > 2:2578475/4‑140 (MQ=255) aTTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGaa < 2:599668/140‑1 (MQ=255) aTTGAAGGATTTGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTCAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGaa < 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ttttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGa < 1:9246792/140‑1 (MQ=255) ttttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGa < 1:4612968/140‑1 (MQ=255) ttttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGa < 2:4624640/140‑1 (MQ=255) ttttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGa < 2:823143/140‑1 (MQ=255) atttGGCGAGCTTCTCGACACGGAGTATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGa < 1:10475263/139‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAATGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACa > 1:722134/1‑140 (MQ=255) ttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACa < 2:2267939/140‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACa < 1:3617284/140‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACa < 2:4250527/140‑1 (MQ=255) ttGGCGAGCTTCTCGACACGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACa < 2:5095801/140‑1 (MQ=255) cacGGATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAgggcgggc < 1:10898035/140‑1 (MQ=255) | TTAAGTGACGTAAAAGGGTGGATTTTCCGGAACCCGACGGCCCAAGCAGAGCCACCATTTCACCGTGATGAATGTTCAGATCAACCGCATGCAGCGCCTGATGCTGATTGAAGGTTTTGGCGAGCTTCTCGACACGGGTAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCT > NZ_CP025268/4326940‑4327213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |