| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 4,476,316 | A→G | pseudogene (259/585 nt) | bdcR → | TetR/AcrR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,476,316 | 0 | A | G | 99.5% | 2693.9 / ‑6.4 | 773 | pseudogene (259/585 nt) | bdcR | TetR/AcrR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (306/462); minor base T (1/3); total (308/465) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 773 total aligned reads displayed.
ATTATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAAGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCA > NZ_CP025268/4476179‑4476452 | aTCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAg > 1:11136421/1‑140 (MQ=255) cTTGGTATTCACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTGGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTg < 2:7271481/140‑1 (MQ=255) ttGGTAATAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGc < 2:4229224/140‑1 (MQ=255) tGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGcc < 2:9456134/140‑1 (MQ=255) tGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGcc > 1:6898323/1‑140 (MQ=255) tGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGcc < 1:8868455/140‑1 (MQ=255) tGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGcc < 1:10384066/140‑1 (MQ=255) ggTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTACGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCt > 1:5411436/1‑140 (MQ=255) aaCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGa > 2:3609994/1‑140 (MQ=255) aaCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTAGTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCGTGCCGATATTCGTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTGGa > 1:8129750/1‑140 (MQ=255) aCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAg < 1:8582736/140‑1 (MQ=255) aCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAg < 1:2330425/140‑1 (MQ=255) aCCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAg < 1:10271782/140‑1 (MQ=255) cccccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGt < 2:7693195/140‑1 (MQ=255) ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTCCGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 2:6206838/1‑140 (MQ=255) ccGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGGTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAtt > 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tACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTACGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAgc > 1:10959318/1‑140 (MQ=255) aCGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAAGGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAgcg < 1:10168027/140‑1 (MQ=255) cgGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGACTGGTGGAGGTATTAAAAGTAgcggcg > 2:6994258/1‑140 (MQ=255) ggCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgc > 1:1071830/1‑140 (MQ=255) gCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgcg < 2:10085191/140‑1 (MQ=255) gCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGgcgcg < 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tAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGcc > 1:2491934/1‑140 (MQ=255) tAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGcc < 2:8939473/140‑1 (MQ=255) aaGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCaa < 2:9276628/140‑1 (MQ=255) ggTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAAcggc > 2:10834638/1‑140 (MQ=255) gTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTTCGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTATGCTAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAATcggcg < 2:1607145/140‑1 (MQ=255) tATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACggcggc < 2:10270256/140‑1 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aCTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTa < 2:4000316/140‑1 (MQ=255) aCTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTa < 1:377384/140‑1 (MQ=255) aCTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTa < 1:5238670/140‑1 (MQ=255) tCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATg > 1:7631354/1‑140 (MQ=255) aaTGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGCTCGTCCGGTAGGCGCGTGCCTGGTTGAGGTATGAAATGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCGGTATGGt > 2:1402545/1‑140 (MQ=255) aaTGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCNGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGt > 1:5987273/1‑140 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1:6547164/140‑1 (MQ=255) gCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCa < 2:5908578/140‑1 (MQ=255) gcgtGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCcac < 1:5856725/137‑1 (MQ=255) gattGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTTGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCcac < 2:249833/138‑1 (MQ=255) gCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGGTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCcac > 1:1505823/1‑140 (MQ=255) cTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCcaca > 1:4434560/1‑140 (MQ=255) ttGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACaa > 2:3838975/1‑140 (MQ=255) ttGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACaa > 1:10536192/1‑140 (MQ=255) ttGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACaa < 1:6700706/140‑1 (MQ=255) gCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAgc > 2:4781294/1‑140 (MQ=255) ccGATATTCTTCGTGATGCTCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTAATAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCACAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAgcg < 1:4945346/140‑1 (MQ=255) ccGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAgcg < 2:85968/140‑1 (MQ=255) ttcGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATAtt < 2:2687329/140‑1 (MQ=255) tcGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTg < 1:10790894/140‑1 (MQ=255) tcGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTg < 1:9900233/140‑1 (MQ=255) cGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGc > 2:3535909/1‑140 (MQ=255) cGTGATGATCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGc > 1:3590916/1‑140 (MQ=255) tgatCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTc > 1:7870775/1‑140 (MQ=255) atCGTCCGGTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCaa > 1:8772100/1‑140 (MQ=255) tCGTCCGGTAGGCNAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAat > 1:9710471/1‑140 (MQ=255) gTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCa < 2:9152362/140‑1 (MQ=255) gTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCa < 1:4787797/140‑1 (MQ=255) gTAGGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCa > 2:9922840/1‑140 (MQ=255) | ATTATCTTGGTATTAACCCCCCGAGCCTCTACGCGGCTTTTGGCAGTAAAGCTGGGTTATTTAGCCGTGTACTCAATGAATACGTCGGTACGGAAGCTATTCCGCTTGCCGATATTCTTCGTGATGATCGTCCGGTAAGCGAGTGCCTGGTTGAGGTATTAAAAGAAGCGGCGCGCAGATATAGCCAAAACGGCGGCTGCGCTGGCTGTATGGTTCTTGAAGGTATTCATAGTCATGATCCACAAGCGCGTGATATTGCCGTTCAATATTATCA > NZ_CP025268/4476179‑4476452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |