| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 4,614,205 | A→G | *54* (TAA→TAG) | ytjA → | DUF1328 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,614,205 | 0 | A | G | 99.7% | 1281.8 / NA | 371 | *54* (TAA→TAG) | ytjA | DUF1328 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (201/169); minor base C (1/0); total (202/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
CTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAAATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAT > NZ_CP025268/4614068‑4614340 | gTTATCTCGAAAATCTCAGCCGCACTTGGTTTTGGTGGTCTCGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAAATTTCTAAGACGTCGGGATTATTCTGTTCATGGTGAGTTTGTTAATGGGCCGAACACGACCCTAGATATc > 2:6945239/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGTCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAGAGCGACCCTCGATTTc > 2:8667620/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:10154165/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:6822954/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 2:6820481/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:5141560/1‑140 (MQ=255) gTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTc > 1:2680574/1‑140 (MQ=255) ttATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGTATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCa < 2:2108375/140‑1 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 2:4446456/1‑140 (MQ=255) aTCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGa > 1:3673607/1‑140 (MQ=255) cgcgTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAAAGACCCTAGATTTCAGAcc > 1:2371168/1‑140 (MQ=255) cgTTACTCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCAt < 2:6176733/140‑1 (MQ=255) tAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTaa > 1:11100361/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGa > 1:4031578/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGa > 1:6370763/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCGGGCCGGTACCGCTGCCGGCGCCGCTAAAATTGTCTTGGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTGCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGa < 1:4863823/140‑1 (MQ=255) cgccgcACTGGGCTTTGGTGGTCGGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAACAGTGCCTTTGTCGCCGGTATTATCCTGGCCCTGGTGAGTTTGTCCAGGGGCCGAACACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAAtt < 1:8717373/140‑1 (MQ=255) gccgcACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCTGGCGCAGCTAAAATGGTCTTGGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAAttt < 1:9084447/140‑1 (MQ=255) gccgcACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTGTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAAttt < 2:6473268/140‑1 (MQ=255) gccgcACTTGGGTGTGGGGGTCGGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCCGCTAAAATTGTCTTTGTCGCCGGGATTATACTGTGCCTGGTGAGTTTGTCCAGGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAAttt < 1:8157587/140‑1 (MQ=255) cgcACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTCTTCTGTTCCTGGTGAGGTGGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCAGTAAGAATAttttt > 2:8824573/1‑139 (MQ=255) ccTTGGGTTTGGTGCTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATACTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 2:7736886/139‑1 (MQ=255) aCTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGTTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTGGTTCATGGGCCTAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 2:90545/140‑1 (MQ=255) aCTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCAAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATcc < 2:4096146/140‑1 (MQ=255) ggTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCCGCTAAAATTGTCTTGGTCGTCGGTATTAGTCTGTTCCTGGTGATTTTGTTCAGGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGc < 1:4598780/140‑1 (MQ=255) gTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCTGCTAAAATTGACTTTGTCGTCGGTATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGcc < 1:8552738/140‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCGGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTATTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAACACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 1:10070281/140‑1 (MQ=255) ttgggtggtCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGTATTATTCTGTTCCGGGTGAGTTTTTACAGGGGCCCAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 1:218834/137‑1 (MQ=255) ttggggggtCTGGCCGGTACCGCTGCTGGCGCAGCTAAATTTGTATTTGTCGTCGGTATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCa < 1:1172980/134‑1 (MQ=255) tggtggTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGt > 1:9388390/1‑140 (MQ=255) ggggtCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTcc < 2:747734/138‑1 (MQ=255) tCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCg > 1:1760989/1‑140 (MQ=255) gCCGTTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGCTTATTCTGATCCTGGAGAGTTTGTTCATGGGCCGAAATCGACCCTAGATTTCAGACGATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACt > 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acttGTCTTTGTCGTCGGTATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAataata < 1:6111770/138‑1 (MQ=255) gTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAAtt > 2:7344873/1‑140 (MQ=255) ctctGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGc > 2:3306871/4‑140 (MQ=255) cTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGAGTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCATAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTGTTAGCGAATAATAAATTGc > 1:3457894/1‑140 (MQ=255) gggATTATTCTGTCCCGGGTGAGTTTGTACAGGGCCCGACAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGGCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGt < 1:8788174/140‑1 (MQ=255) tattCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTc > 2:9459461/1‑140 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(MQ=255) tCATGGGCCGAACACGACCCTAGATTGCAGACCATTAAGAAAATAGTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGc < 2:10943355/140‑1 (MQ=255) tCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGc > 2:5716941/1‑140 (MQ=255) tCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGc < 2:7564698/140‑1 (MQ=255) tCATGGGCCGAAAACGACCCGAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGc < 2:986300/140‑1 (MQ=255) tGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCaga > 2:8305066/1‑140 (MQ=255) tGGGCCGAAAACGACCATAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAATGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCCTTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCagt > 2:2832005/1‑139 (MQ=255) ggCCGAACCCGACCCTCGATGACAGACCATTAAGACAATTGTACCCAAAGCCACTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCATTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAgg < 2:8590960/140‑1 (MQ=255) ggCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAgg > 1:4824108/1‑140 (MQ=255) ggCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAgg > 1:1361453/1‑140 (MQ=255) gAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTggg < 2:3464407/140‑1 (MQ=255) caaaCGACCCTAGATTTCAGACCAATAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCATTTGCGGATTAAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTTGCATTCTATCACAACAAAAACACGAAGGCAGAGGTgtgg < 2:1005169/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGaa < 1:5629366/140‑1 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 2:7988923/140‑1 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 1:9775593/140‑1 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 2:5367157/140‑1 (MQ=255) ccTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAt < 2:10152086/140‑1 (MQ=255) | CTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAAATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAAT > NZ_CP025268/4614068‑4614340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |