Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 2,420,798 | 2 bp→CT | coding (2017‑2018/2145 nt) | pta → | phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,420,798 | 0 | T | C | 99.5% | 3255.4 / NA | 934 | S673M (TCG→CTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,420,799 | 0 | C | T | 99.6% | 3564.2 / NA | 934 | S673M (TCG→CTG) | pta | phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (379/549); minor base G (1/3); total (381/553) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 934 total aligned reads displayed.
ACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGT > NZ_CP025268/2420664‑2420932 || acgCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGAtc < 1:236293/140‑1 (MQ=255) cgCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGAtct > 1:5829899/1‑140 (MQ=255) cgCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGAtct > 1:351240/1‑140 (MQ=255) cgCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGAtct > 1:9453974/1‑140 (MQ=255) cTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTcc > 1:5416164/1‑140 (MQ=255) cTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTcc > 2:595698/1‑140 (MQ=255) cTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTcc > 1:836969/1‑140 (MQ=255) cTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTcc > 1:8538880/1‑140 (MQ=255) tGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCa > 1:10277941/1‑140 (MQ=255) gCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCAt < 1:4596428/140‑1 (MQ=255) cGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATc > 1:785270/1‑140 (MQ=255) aaTGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGc < 2:8622016/140‑1 (MQ=255) tGGCTGACGTTGCGAAATCCAACGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCg < 2:10195256/140‑1 (MQ=255) tGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCg < 2:4344176/140‑1 (MQ=255) gCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAt < 1:9671917/140‑1 (MQ=255) tGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgc > 1:2988648/1‑140 (MQ=255) tGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgc > 1:4964501/1‑140 (MQ=255) aCGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctg > 1:6905455/1‑140 (MQ=255) cGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc < 1:280585/140‑1 (MQ=255) cGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGAtgctgc > 2:6214766/1‑140 (MQ=255) gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCa < 1:1230179/140‑1 (MQ=255) gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCa < 2:5325680/140‑1 (MQ=255) gTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGGTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCa < 2:10028273/140‑1 (MQ=255) gCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAggg > 1:10386127/1‑140 (MQ=255) cGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGt < 2:3194079/140‑1 (MQ=255) aaaTCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTAt < 1:6176265/140‑1 (MQ=255) gcgcCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGcc < 1:1880364/140‑1 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tCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGgcg < 2:276372/140‑1 (MQ=255) gcgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa < 1:7092091/140‑1 (MQ=255) gcgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa < 2:2645704/140‑1 (MQ=255) gcgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa < 1:8128745/140‑1 (MQ=255) cgcTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACg > 1:1008146/1‑122 (MQ=255) aCCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGt < 1:2176285/140‑1 (MQ=255) 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1:11188441/1‑140 (MQ=255) accTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCAGATGCTGCAGGGGATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCa < 2:104632/140‑1 (MQ=255) accTACAAAGCGGTACAGAGTTCTGCCGACCTGAGCTCCATCGGGCCTATGCTGCATCGTATGCGCAAGCCGATTATCGACCTGAACAGTGGCGCACTGTTTGACGATCTCGTCTACAACATCGCGCTGACTGCGATTCa > 2:4681694/1‑140 (MQ=255) tACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTc < 2:8425597/140‑1 (MQ=255) tACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTc > 1:10563679/1‑140 (MQ=255) cAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTg < 1:1732051/140‑1 (MQ=255) cAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTg < 1:7586299/140‑1 (MQ=255) aaGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGca > 1:10860938/1‑140 (MQ=255) aGCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcac < 1:5229141/140‑1 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTaca < 2:3103403/109‑1 (MQ=255) gCGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGcaca > 2:4084916/1‑140 (MQ=255) cGGTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcag < 2:3394442/140‑1 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATcgcg > 2:6534506/1‑114 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagca > 2:5827720/1‑140 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagca > 2:3688538/1‑140 (MQ=255) gTACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagca > 1:392915/1‑140 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGt < 2:7490509/88‑1 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag < 2:4501508/140‑1 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag > 2:5688288/1‑140 (MQ=255) tACAGCGTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCAcagcag > 1:7776828/1‑140 (MQ=255) gTTCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTaa < 1:6585377/140‑1 (MQ=255) ttCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt > 1:9051532/1‑140 (MQ=255) ttCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAt > 2:10826153/1‑140 (MQ=255) tCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtc < 1:3731353/140‑1 (MQ=255) tCTGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtc < 1:9355492/140‑1 (MQ=255) tGCCGACCTGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAAtctc > 1:1520472/1‑140 (MQ=255) tGCCGACCTGAGCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGGCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCCGGAAtctc > 2:9622955/1‑140 (MQ=255) || ACGCTGCGGTAATGGCTGACGTTGCGAAATCCAAAGCGCCGAACTCTCCGGTTGCAGGTCGCGCTACCGTGTTCATCTTCCCGGATCTGAACACCGGTAACACCACCTACAAAGCGGTACAGCGTTCTGCCGACTCGATCTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCACTGGTTGACGATATCGTCTACACCATCGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGT > NZ_CP025268/2420664‑2420932 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |