| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,206,865 | (T)6→5 | pseudogene (1043/1129 nt) | intE ← | site‑specific integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,206,860 | 0 | T | . | 99.7% | 8554.4 / 6.6 | 1783 | pseudogene (1048/1129 nt) | intE | site‑specific integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/4); new base . (536/1239); total (538/1245) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1955 total aligned reads displayed.
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TTTTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGT > NZ_CP025268/1206721‑1206995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |