| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 183,437 | +A | coding (1144/1212 nt) | cdaR → | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 183,437 | 1 | . | A | 99.1% | 2150.4 / 6.4 | 566 | coding (1144/1212 nt) | cdaR | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base A (295/266); total (296/270) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 620 total aligned reads displayed.
GCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183298‑183570 | gCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTgg < 1:4405672/140‑1 (MQ=255) cAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTgga > 1:512188/1‑139 (MQ=255) ccGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatga > 2:6864820/1‑136 (MQ=255) cGCTGGCCACGTCAAAGGCGATGTTTATTCCTCGTCATACCCTGGAGTATCGGCTTACTCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatgaa < 1:11269666/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatgaa > 1:4120764/1‑135 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatgaa < 1:10672204/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatgaa < 1:9465386/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatgaa > 2:2528620/1‑135 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTggatgaa < 1:5826574/140‑6 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAaga > 2:357448/1‑140 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAaga > 1:5484391/1‑140 (MQ=255) tGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAagag > 1:9852685/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGATCTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGc < 2:9398716/140‑1 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGc > 2:9551364/1‑140 (MQ=255) ggCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGc > 2:8291522/1‑140 (MQ=255) gCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGGATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCg < 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2:11335658/139‑1 (MQ=255) tCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcg > 1:7703632/1‑140 (MQ=255) cGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGTTTGCTGCTGTATGTGGCGTTAAAAGTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcgg > 2:6650367/1‑140 (MQ=255) gTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAggcggc > 2:779140/1‑140 (MQ=255) ttaTACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTAGATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 2:3803099/138‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGGATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 2:9072368/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCg > 2:1658418/1‑140 (MQ=255) tgatgaCAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGa < 2:4955506/140‑1 (MQ=255) tgatgaCAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTCCGGGa < 1:8328559/140‑1 (MQ=255) agatgaCAGGCAGCTGCTGGATGTGGCGATCCAACTGGAGGAAGCGCGGTAGCTTATGCGTTAAGGTTGCGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGCTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTACGCGa < 2:2010830/139‑1 (MQ=255) aCAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGattatt < 2:2991569/140‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGTTTATTTAcg > 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tgtgGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTc > 2:3212211/1‑140 (MQ=255) tgtgGCATTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTc > 2:2415660/1‑140 (MQ=255) ggCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAg > 1:7894941/1‑140 (MQ=255) ggCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGGTGAGGCGGCGCTGGCTCATACCCCTCAGCCCGATGGGTAGAGGGGAATGACCGATTTAACCGTCAGTTCGGGATTCTTTAGGCGTTAGTTTTTCGAg > 2:8146073/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt < 2:4095185/140‑1 (MQ=255) cGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 1:4462770/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGGTCGGGATTATTTCCGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 2:51186/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAAGTAACCGTCAGTTCGGGCGTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt > 1:118771/1‑140 (MQ=255) tACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:10958023/1‑140 (MQ=255) tACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:10358277/1‑140 (MQ=255) cAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCt > 2:7534291/1‑140 (MQ=255) | GCAACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGG‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183298‑183570 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |