Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,218,374 | (C)5→6 | pseudogene (306/1685 nt) | btsS ← | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 98.2% | 2124.5 / 24.9 | 617 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/4); new base C (327/278); total (335/282) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 670 total aligned reads displayed.
CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑C‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503 | cAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGATAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATg < 1:6123285/140‑1 (MQ=255) aGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑c < 1:4287492/140‑1 (MQ=255) gagtcgaCCGTGACGGCTGCGGCGGTTTTGGGGTGAAAGACTTTCTCAGTGCGCCCGCGGCGGATATGGTTGCTGTGTACCTGGCAACCGTGTAATCATTCAACGATGGTCGAGATCATGCATCTTAACGCGGTCATgag < 2:7722270/136‑3 (MQ=255) gCGACGCACGTGACGGCACCGGCGGGAATGGGGTTAACGACTTTCTCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑c‑c < 2:10060697/140‑1 (MQ=255) gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑c‑c < 1:3650069/140‑1 (MQ=255) gCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑c‑c < 2:5321570/140‑1 (MQ=255) gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGTGTTAAAGACTTGATCAGTTCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCGGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑c‑cc‑c < 2:549156/140‑1 (MQ=255) gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTaa > 1:9429372/1‑140 (MQ=255) tAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAgccg < 1:11388316/140‑1 (MQ=255) aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAgccgc > 1:6328371/1‑140 (MQ=255) gggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGt < 1:7366689/140‑1 (MQ=255) ggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTc > 1:1661418/1‑140 (MQ=255) ggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTc > 2:8941438/1‑140 (MQ=255) tAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGc < 1:4934617/140‑1 (MQ=255) aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCNACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:10622218/1‑140 (MQ=255) aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 2:8344101/1‑140 (MQ=255) aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑CTCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:10200173/140‑1 (MQ=255) aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:204915/140‑1 (MQ=255) aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:8678410/140‑1 (MQ=255) aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 1:4434458/140‑1 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCCGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTCACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGACTCTCGATGGAAGCCGCCGGTCAGCGCTCCCAGc > 1:8230261/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:634795/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:11231512/1‑140 (MQ=255) gcgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcga > 2:11463270/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCTATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:2420166/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:2718065/1‑140 (MQ=255) cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 1:5793746/1‑140 (MQ=255) ggcggATCATGATGCTGTGTACCAGGCCAACGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCCACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 2:9128368/140‑1 (MQ=255) cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:3279253/140‑1 (MQ=255) tCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAccgccg > 2:5117530/1‑140 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGAGCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1826649/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:210183/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg > 1:1404869/1‑140 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:651668/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:4242718/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:8528525/140‑1 (MQ=255) gCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgc < 1:9055536/140‑1 (MQ=255) tgtACCTTGACACCGATTAATCCTTTAACGATGGTCTGTATCATGCATCTTAACGCTGTCATG‑CTCC‑CC‑ATCGTATATCGATGTAAGCCGCCGTTCAGCCCAACCAGCCCACCGTCGACCGGTCCGCCGAGTAAgccgcc < 2:4628963/140‑1 (MQ=255) tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑CTCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 1:10959788/140‑1 (MQ=255) tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 1:10343834/140‑1 (MQ=255) tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑AGCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCCACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTCAgccgcc > 1:8359577/1‑140 (MQ=255) tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGNCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTACgccgcc > 1:6049691/1‑140 (MQ=255) tACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGAGGTCATG‑C‑CC‑CCAATAGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGACGCCCa 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gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:5096940/1‑140 (MQ=255) cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 1:4493685/1‑140 (MQ=255) cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:1327191/1‑140 (MQ=255) cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:10907499/1‑140 (MQ=255) cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:3513254/1‑140 (MQ=255) cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 1:8071016/1‑140 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCACCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:3030911/140‑1 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:6552040/1‑140 (MQ=255) gAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTa < 1:2612646/140‑1 (MQ=255) tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg < 2:2916409/140‑1 (MQ=255) aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGc < 2:2586822/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAGGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:2312081/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:3230669/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:4025589/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:4005732/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:6206654/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:191008/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:11246352/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:1200446/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:5703691/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:7747718/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:6721259/140‑1 (MQ=255) 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2:7015071/1‑140 (MQ=255) gATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTgg < 1:5462992/140‑1 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 2:1710430/1‑140 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 1:475070/1‑140 (MQ=255) gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAAt < 2:8101231/140‑1 (MQ=255) gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAAt > 1:5652673/1‑140 (MQ=255) 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> 2:74161/1‑140 (MQ=255) tCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 2:7964310/1‑140 (MQ=255) tCATGCC‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 2:586991/1‑140 (MQ=255) | CAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑C‑CC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218230‑2218503 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |