Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,851,714 | +C | pseudogene (345/1502 nt) | uhpB ← | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 99.2% | 1730.7 / 3.7 | 499 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (251/243); total (254/245) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 598 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 | ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:1969481/140‑1 (MQ=255) ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 2:10193561/140‑1 (MQ=255) ggCGAGAGAGTGCCAGAACACCAGACATAGCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgccg < 1:1190361/140‑1 (MQ=255) cgcgctAGGGCCGGACCACCAGACCGATCGGGGCCAGCGGCAGGCCGCCCGGTAGAGGCTGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCGGGGCCACAGCCAGGGCCGCGCCTGCAACAACGCCGCCGCCGTTCACgcgg‑cc > 2:8668034/6‑140 (MQ=255) 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2:9079169/1‑140 (MQ=255) ccAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGAtcatca > 2:3297729/1‑140 (MQ=255) cAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCaa < 1:10036929/140‑1 (MQ=255) aGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATaa < 1:740058/140‑1 (MQ=255) ggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaaa > 1:2877200/1‑140 (MQ=255) ggCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGaaa < 2:6026087/140‑1 (MQ=255) cAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAAt < 1:6992874/140‑1 (MQ=255) cGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGACAATggg > 1:8371171/1‑140 (MQ=255) cGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATggg > 1:6370700/1‑140 (MQ=255) cGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATggg > 2:4291544/1‑140 (MQ=255) cGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGGAACAGCAAGGTGCGCCAGTCCCGCGGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCGACGGGCCGTACCGTCAGGCAACTACCGATCATCAATAACGGAACATggg > 2:10679164/1‑140 (MQ=255) gCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTaaa > 2:6598023/1‑140 (MQ=255) acaacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGACAATGGGTTAAaccg > 1:1118984/1‑140 (MQ=255) aacGCCGCCGCCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAAAGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccgac > 1:3417321/1‑140 (MQ=255) cgccgccgcCGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAaccgaccg > 1:9932281/1‑140 (MQ=255) gccgccgccGTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGc < 2:2222125/140‑1 (MQ=255) gccgccgTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTg > 2:4391986/1‑140 (MQ=255) ccgccgTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTCCCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGc > 1:2657289/1‑140 (MQ=255) gccgTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGt < 2:9251188/140‑1 (MQ=255) cgTTAACGCCGCCCCCTTTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGGAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTa < 2:9411752/140‑1 (MQ=255) cgTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATACCGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTa < 1:10800772/140‑1 (MQ=255) cgTTAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTa < 2:5757679/140‑1 (MQ=255) tAACGCCGCCCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGcc < 1:3029040/140‑1 (MQ=255) | GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCCG‑CCCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |