Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,426,468 | +C | pseudogene (249/275 nt) | yjfY ← | DUF1471 family protein YjfY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,426,468 | 1 | . | C | 99.8% | 2072.0 / NA | 596 | pseudogene (249/275 nt) | yjfY | DUF1471 family protein YjfY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); major base C (292/302); minor base A (1/0); total (293/303) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 606 total aligned reads displayed.
TTTCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TG‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426330‑4426601 | cttcctCGGGAGATAACTGGTCTAAGTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑Tgcatat < 2:10896182/140‑6 (MQ=255) tCGGGAGATAACTCGTCAAATTCCGCAGCCGATTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCg < 2:6122417/140‑1 (MQ=255) aTAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTcc < 2:10697784/140‑1 (MQ=255) aTAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTcc < 2:4576772/140‑1 (MQ=255) aCTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCg > 1:1467062/1‑140 (MQ=255) gTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTc > 2:5550847/1‑140 (MQ=255) gTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTc > 2:854290/1‑140 (MQ=255) tCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTCTGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTcc < 1:9587044/140‑1 (MQ=255) cTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTccc > 2:7548344/1‑140 (MQ=255) aagtCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGCTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGc < 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1:8275342/140‑1 (MQ=255) aaaTATCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTAtgattg > 1:3484309/1‑140 (MQ=255) atatCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGGTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTAtgattgat < 1:2004826/140‑1 (MQ=255) tctCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGGAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGata < 2:9484025/138‑1 (MQ=255) tatCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGata < 2:1730215/140‑1 (MQ=255) tCCGCGCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAAt > 1:578397/1‑96 (MQ=255) cgcgCTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATaaa > 2:11145649/1‑140 (MQ=255) gcgcTGTCG‑TGCATATTGCCGTTTCTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGAGCTAGTACGTTGCGCCTTGCGAATCTGTTTCTTCATTTAAGGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGTCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:1968939/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:10922835/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:7445820/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:3113474/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:7135004/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:6805111/140‑1 (MQ=255) gcgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTGACTCCCCGGGTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 2:3519027/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATc > 1:6799696/1‑140 (MQ=255) gcTGGCG‑TGCATCTTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTTTTTCTTCATTTAAGGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCa < 1:3292375/140‑1 (MQ=255) gcTGGCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCAGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTAATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGTTATAAATCa < 1:5071470/140‑1 (MQ=255) ggCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt > 2:6394005/1‑135 (MQ=255) ggCG‑TGCATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAAt < 1:6394006/135‑1 (MQ=255) | TTTCCTTCCTCGGGAGATAACTGGTCTAATTCCGCAGCCGTTTTTCAAAAAAAAGCCCCCTGCGAAGGGGGCAAAGCAAACTATGGCAATGTTTCGTTGGTTATACCTGGTGTTAGCGATAAATATCCGCGCTGGCG‑TG‑ATATTGCCGTTACTCCCCGGTTCCCGCATCAGAATTACGTGGTAGTACGTTGCGCCTTGCGCATCTGTTTCTTCATTTAATGCCTGACGTGCTTCGCTTTCAGTGGCGAAATTATGATTGATATAAATCACGC > NZ_CP025268/4426330‑4426601 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |