| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 318 (0.480) | 92/272 | 2.2 | 99.8% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
| ? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 1 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase | |||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AA‑CAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCCA > NZ_CP025268/3743186‑3743463 | cATCTCGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATC < 1:271849‑M1/140‑1 (MQ=255) tctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCag > 1:4454746‑M1/1‑138 (MQ=255) ctcGTTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCaga < 1:5025679‑M1/140‑4 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCTCTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:7800247‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:7767387‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:3061424‑M1/140‑9 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCCTTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct < 1:162240‑M1/140‑10 (MQ=255) ctctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcct > 1:3515830‑M1/1‑131 (MQ=255) tctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcctt > 2:2655268‑M1/1‑130 (MQ=255) tctTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcctt > 1:3915233‑M1/1‑130 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGTGGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCGTTTGAAATTCAGTAATCagattgccttgt > 2:442900‑M1/1‑128 (MQ=255) tttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgtta < 1:10663518‑M1/140‑15 (MQ=255) tttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccgtgtta > 1:10037499‑M1/1‑126 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATT‑AC‑CAATTGA‑GTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 1:8808972‑M1/1‑118 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTCTGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:9654597‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:1883946‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:7582259‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:1229243‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCATTCCCCCTTATGTCGCCTCCTGATGGTATCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGAACTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTCTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccatgttaaaaagtgat < 2:7252994‑M1/140‑24 (MQ=255) 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tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 2:5403777‑M1/1‑92 (MQ=255) aTGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatatt > 1:4595127‑M1/1‑87 (MQ=255) agagcaaaGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATAAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:171936‑M1/4‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 2:903903‑M1/1‑82 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTA‑T‑AACCAATTGA‑TTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaat > 1:3197867‑M1/1‑82 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |