Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 360,362 | 0 | C | A | 20.5% | 539.5 / 24.4 | 316 | E184* (GAA→TAA) | lacA | galactoside O‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/123); new base A (63/0); total (193/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TCATGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACG > NZ_CP025268/360223‑360501 | tCATGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTc < 1:3167227/140‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTcgcg < 2:9732650/140‑1 (MQ=255) gCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTAGCGa > 1:249512/1‑140 (MQ=255) ggATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGaaaa > 1:63676/1‑138 (MQ=255) ggATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAATa > 2:3989598/1‑140 (MQ=255) aTGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAAc < 2:6284386/140‑1 (MQ=255) gCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGAc > 1:5809603/1‑140 (MQ=255) tGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAATAAACCGACAAGGa > 1:5871407/1‑140 (MQ=255) tCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAAACCCACAAGGAACGCCa > 1:1297818/1‑140 (MQ=255) cTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAgcc > 2:9407515/1‑140 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2:10525867/140‑1 (MQ=255) tCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACCCCAGCCCCCACGACGTTTGGTGGAATGTATTTTTTGACGATACTACCCCCGCCAATAAAAGAATTATACCCGATTGTGAAGCCTGGATTAATAAACACAAGACttac > 2:6963774/1‑138 (MQ=255) ttATTTCGCGAATAAACCGACAAAGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTTGTGGCAATTCTTTTGTGACGATAAAAACCCCGCCAATAAAAGAATTAAAACCCATGGTGACGCCAGGATTAATAACCACAAGACTTCCGATc > 2:4210011/1‑140 (MQ=255) tATTTAGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACAACCCGCGCCAATAACATAAATAACCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAAACACATGACATACGAtac > 2:2957832/1‑138 (MQ=255) tATTTAGCGAAAAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGGTTTGTGGAATGTCTTTTGTGACGATAATAACCGCGCCAATAACAGAATTATACCCGATTGTGACGCCGGGATTAATAACCACATGAAATCCGAtac > 2:5476133/1‑138 (MQ=255) tttCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAg < 1:8045109/140‑1 (MQ=255) | TCATGCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACG > NZ_CP025268/360223‑360501 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |