| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 49,911 | T→C | W30R (TGG→CGG) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP025268 | 49,911 | 0 | T | C | 99.8% | 1809.4 / ‑5.2 | 524 | W30R (TGG→CGG) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (234/288); total (235/289) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 524 total aligned reads displayed.
TTTACGCTTTACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGCCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTAACGTGGGT > NZ_CP025268/49775‑50047 | tttACGCTTTACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGt > 1:7248682/1‑140 (MQ=255) aCGCTTTACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTa < 1:10091658/140‑1 (MQ=255) aCGCTTTACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTa > 1:2157881/1‑140 (MQ=255) ttACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGc > 1:9580784/1‑140 (MQ=255) ttcGTATAGTGGAGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGTTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCa < 2:9400525/138‑1 (MQ=255) tACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGTAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCa < 2:2222511/140‑1 (MQ=255) tACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCa < 2:864851/140‑1 (MQ=255) tACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCa > 2:1126424/1‑140 (MQ=255) tACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCa < 1:3210352/140‑1 (MQ=255) tACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCa < 1:8092828/140‑1 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tCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 2:5559415/140‑1 (MQ=255) gggAAATCTCAATGATCCGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCCTTATCGGCCTGGAACACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCACCACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc < 2:3436378/140‑1 (MQ=255) gggAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc < 2:117549/140‑1 (MQ=255) gAAATCTCTATGATCAGTCTCAGTGCGGCCTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAACCGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccg < 2:7258334/140‑1 (MQ=255) gAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccg < 2:3637959/140‑1 (MQ=255) aaaTCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgc < 1:3758635/140‑1 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cTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGAGATTATGGTCCGCCATACCTGGGaatcaat > 2:5793266/1‑140 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCg < 1:4452690/140‑1 (MQ=255) cggctTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACTCCTTGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCACGCCCGGATTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTTATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCTgtcgt < 2:11178919/140‑1 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtcgt > 2:9166495/1‑140 (MQ=255) cggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTAAAATAAACCCGAGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtcgt < 2:4284431/140‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGCTCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGCACCTGCCTGCCGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATCAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtcgtc < 1:3857633/140‑1 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2:4154937/1‑140 (MQ=255) gcctgccGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATc > 2:1621763/1‑140 (MQ=255) ctgccGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATcgc > 1:4854348/1‑140 (MQ=255) gccGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATCAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGt < 1:5141968/140‑1 (MQ=255) ccGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTa > 2:7985118/1‑140 (MQ=255) cGATCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTaa < 1:8850153/140‑1 (MQ=255) aTCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCATAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTAACg < 2:1878709/140‑1 (MQ=255) aTCTCGCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTAACg < 2:599062/140‑1 (MQ=255) aTCTCGCCCGGTTTAAACGAAACACGTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAGACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCATGACGCTAAAATTTTATCCTCAGGTGTCAACCGGGTACGGACGTTGGAGTAACg < 2:10892031/140‑1 (MQ=255) gCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTAACGTGGGt > 2:2552524/1‑140 (MQ=255) gCCCGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTAACGTGGGt > 2:8317007/1‑140 (MQ=255) | TTTACGCTTTACGTATAGTGGCGACAATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGCCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAAAATATTATCCTCAGCAGTCAACCGGGTACGGACGATCGCGTAACGTGGGT > NZ_CP025268/49775‑50047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |