| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 581,201 | T→C | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 ← | class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 581,201 | 0 | T | C | 99.6% | 3204.1 / NA | 924 | pseudogene (667/667 nt) | CXP41_RS03085 | class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (523/397); minor base A (3/1); total (526/398) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 924 total aligned reads displayed.
AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑T‑T‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTG > NZ_CP025268/581068‑581336 | atatCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑T‑TGGATGCTAtttt > 1:453514/1‑140 (MQ=255) cGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATCTGGAGTGGCCGACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCCTTGGGAGTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑T‑TGGATGCTATTTTTTTc > 2:44431/1‑140 (MQ=255) gggTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑T‑TGGATGCTATTTTTTTca > 2:8249412/1‑139 (MQ=255) gtgtTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑T‑TGGATGCTATTTTTTTCCTg < 1:9695307/140‑1 (MQ=255) 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AATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGG‑T‑T‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTCTGATTG > NZ_CP025268/581068‑581336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |