Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 95,839 | A→G | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) |
murF → mraY → |
UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 95,839 | 0 | A | G | 99.9% | 2275.5 / NA | 656 | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) | murF mraY | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (350/304); minor base T (0/1); total (350/306) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 656 total aligned reads displayed.
GATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95705‑95974 | gATAAAACTGCGTTAATTACTCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtgg < 2:11336132/140‑1 (MQ=255) aTAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggc > 1:10303517/1‑140 (MQ=255) aTAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggc > 1:6324216/1‑140 (MQ=255) tAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggct > 2:9439717/1‑140 (MQ=255) aaCTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggctggc < 1:1447137/140‑1 (MQ=255) tGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGa > 1:2389445/1‑140 (MQ=255) gTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACATGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACa > 2:391653/1‑140 (MQ=255) gTTAATTACGCGTCTTAAATNACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACa > 1:5978655/1‑140 (MQ=255) gTTAATTACGCGTCTTAAATAACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACa > 2:1692703/1‑140 (MQ=255) ttAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAt > 2:11015105/1‑140 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGTTTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 2:2882528/140‑1 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 1:11431618/140‑1 (MQ=255) aCGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTc < 2:1468708/140‑1 (MQ=255) gcgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCaa > 1:1542542/1‑140 (MQ=255) gcgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTGTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCaa > 1:1346954/1‑140 (MQ=255) ttAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGGAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCGTTACAGGAGAATGGGACAGGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAAtatt > 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gCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAAc < 1:3653024/140‑1 (MQ=255) aGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCt > 1:3435151/1‑140 (MQ=255) cAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTATcc > 2:3451948/1‑140 (MQ=255) aaTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTCCAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCt > 2:65224/1‑140 (MQ=255) aaTTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCt > 1:10101651/1‑140 (MQ=255) cGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGt > 1:6973344/1‑140 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> 1:10901292/1‑140 (MQ=255) gTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGa < 1:8125389/140‑1 (MQ=255) gTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGa < 2:4345463/140‑1 (MQ=255) tGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGAc > 1:1913091/1‑140 (MQ=255) gccgccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGAcc > 1:9849859/1‑140 (MQ=255) ccgccATGGCAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTGTCCTATGTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcg < 2:5805542/140‑1 (MQ=255) ccgccATGGATGAGGTAGTACGCGCTTTACTGGAGATTGGGACATGTTAGTTTGGATGGCCGAACATTTGGTCAATTATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcg < 2:670916/140‑1 (MQ=255) gccTTGGAAGAGGGAGTACGCGCTTTACAGGACAATGGGACATCTTAGTTTGGCTGGCCGAACAATTGGTCAAATATTAATCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTAACTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcgcg < 2:8847635/140‑1 (MQ=255) gccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcgcg < 1:8342806/140‑1 (MQ=255) gccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTGACAGGAGAATGGGACATGTGAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcgcg < 2:7080921/140‑1 (MQ=255) gccATGGAAGAGGTAGTACGCGCTGTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcgcg < 1:10459435/140‑1 (MQ=255) tGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGt < 2:5210911/140‑1 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(MQ=255) taCGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATtgt > 1:9476564/1‑140 (MQ=255) taCGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATtgt > 1:10627056/1‑140 (MQ=255) aCGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATtgtg > 1:7868430/1‑140 (MQ=255) gcgcTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGa > 1:7163245/1‑140 (MQ=255) cgcTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGAt > 2:3780245/1‑140 (MQ=255) cTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATgg > 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ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 1:4543282/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 2:6962109/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 2:7746281/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 1:8759883/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 2:8064999/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 2:8304202/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTAACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 1:9176814/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTAGTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 2:5886434/140‑1 (MQ=255) gagaAGGGGACATGTTAGTGTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAAGATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGt < 2:10060167/140‑1 (MQ=255) aaagggACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGACTTTTCCTATCTGACGATTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATg > 2:1610991/4‑140 (MQ=255) aaagggACATGTTAGTATGGCTGGCAGAAAATTTGGTAAAATAATATTCCGGCTTTAACGTCTTTACCTATATGACGTTTCGAGCCATCGTCAGCCAGCAGACCGCGCAGTTCATAACACTGTGGATGGGCCCGCGAATg > 2:9656790/4‑140 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATg > 1:2804763/1‑140 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATg > 1:9350409/1‑140 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATg > 1:4882985/1‑140 (MQ=255) tGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGAt > 2:3587221/1‑140 (MQ=255) tGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGAt > 2:1402866/1‑140 (MQ=255) ggACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTg > 1:6787392/1‑140 (MQ=255) ggACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTg > 2:8597349/1‑140 (MQ=255) cATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTc > 1:9607436/1‑140 (MQ=255) aTGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCa < 2:7369329/140‑1 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCCtt > 2:102758/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 1:4073369/1‑140 (MQ=255) | GATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95705‑95974 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |