| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,211,261 | A→G | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 → | DUF4222 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,211,261 | 0 | A | G | 99.9% | 2832.9 / NA | 812 | K54E (AAG→GAG) | CXP41_RS06340 | DUF4222 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (400/411); minor base C (0/1); total (400/412) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 815 total aligned reads displayed.
TCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAAAGGTCGGTCATGAGCACTAAATTAACCGGCTATGTATGGGATGGTTGCGCTGCATCAGGCATGAAGTTATCCAGCGTGGCAATTATGGCCCGCCTGGCTGATTTCAGTAATGACGAAGGTGTGTGCTGGCCATCA > NZ_CP025268/1211124‑1211396 | tCAAAGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATagag > 2:9702198/1‑140 (MQ=255) aaaGATCACTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 1:1636095/140‑1 (MQ=255) aaaGATCACGACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGCGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCGCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAggt < 2:10703246/140‑1 (MQ=255) cTACGGAGTGCCCGTCAGAGTCATTCGTTGGGAGCCGGAAACACAACGGGTTATCTACCTCCGCGAAGGTTATGAGCATGAATGCTTCAGCCCGCTCGAACAGTTTCGTCGTAAATTCAGGGAAATAGAGGTCGGTCATg < 1:2468899/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |