| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,386,607 | A→G | pseudogene (969/1082 nt) | CXP41_RS07340 → | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,386,607 | 0 | A | G | 99.6% | 1880.7 / NA | 539 | pseudogene (969/1082 nt) | CXP41_RS07340 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (237/300); minor base T (0/2); total (237/302) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 539 total aligned reads displayed.
CCCATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAATGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAATTCGCTAAATACAGGGGGAAGGCATTCCCC > NZ_CP025268/1386470‑1386742 | cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAANCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 1:10616803/140‑1 (MQ=255) cATCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGt < 2:3329297/140‑1 (MQ=255) tCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTcc > 2:1630270/1‑140 (MQ=255) tCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTcc > 1:119645/1‑140 (MQ=255) tCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTcc > 1:1726627/1‑140 (MQ=255) tCGTGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTcc > 1:6543588/1‑140 (MQ=255) tGATGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTg < 1:668127/140‑1 (MQ=255) tGGGAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTg < 1:1864146/140‑1 (MQ=255) gggAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTgg > 1:1423664/1‑140 (MQ=255) gggAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTgg > 1:2131817/1‑140 (MQ=255) ggAATACGACCGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAAGAACATTTCCGCCAAACTTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGt < 2:3601854/140‑1 (MQ=255) ggAATACGACCGGAAGATAGTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGt < 1:7478783/140‑1 (MQ=255) aCCTGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACCTTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAAATAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTaac < 1:4267649/140‑2 (MQ=255) ccGGCAGCTACTCATCCGGCCGCGCCAGAGGAAACTAACCGTTCCGCCAAAATTCGCGTGGCAGAATGACCCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTTGTCCGTGCTGGTGCGTTAAAt < 2:9550033/140‑1 (MQ=255) cGGAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATg > 2:5087056/1‑140 (MQ=255) ggAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGa < 1:10972766/140‑1 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt > 2:4331432/1‑140 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt > 2:6925402/1‑140 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt < 1:6278026/140‑1 (MQ=255) gAAGATATTCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGAt > 1:3431621/1‑140 (MQ=255) ttCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAATATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATg < 2:10317229/140‑1 (MQ=255) ttCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAATTGATTATCATg < 2:12869/140‑1 (MQ=255) ttCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATg > 1:607746/1‑140 (MQ=255) ttCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATg < 1:3022356/140‑1 (MQ=255) ttCATCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATg < 2:175887/140‑1 (MQ=255) aTCCGGACGCGCAAGAGGAACATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGACTTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAg > 2:10201393/1‑140 (MQ=255) tCCGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAgg > 1:9483565/1‑140 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1:4779784/140‑1 (MQ=255) ccGGACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGAGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAgta < 1:8123071/140‑3 (MQ=255) gACGCGCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTGGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaa > 2:7668898/1‑140 (MQ=255) cgcgCAAGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGaaaa < 1:5879224/140‑1 (MQ=255) aaGAGGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCa < 1:8476051/140‑1 (MQ=255) aaGAGGAAAAGAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCa < 1:9214959/140‑1 (MQ=255) agGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACTGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTa < 1:4415772/140‑1 (MQ=255) agGAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTCGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTa < 1:8158118/140‑1 (MQ=255) gAAAATAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTAtt < 1:2414392/140‑1 (MQ=255) aaaaTAACATTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTc > 2:5956548/1‑140 (MQ=255) aTTTCCGCCAAAATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGat < 2:2077085/140‑1 (MQ=255) ccAACATTAGCGTGGCAGAATTAACCGGTGCGGAATTTATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTCTCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGa < 2:4984494/140‑1 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ttagCTCTACACCGCGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATAGGACGAAATGTCAGTTCTTTGAGGCAGACACGGAAATAGCAAt < 2:7220905/137‑1 (MQ=255) tATTCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTAAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAAt < 2:3069275/140‑1 (MQ=255) tATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAAt < 1:5789356/140‑1 (MQ=255) tATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAAt < 2:4422562/140‑1 (MQ=255) tATGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTATTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAACGGAAATAGCAAt < 1:8641550/140‑1 (MQ=255) aTGCTCTACACCACGGTTGGGGGCACGAGTTAGTGGTCCGTGCTGGTGCGTTAAATGATTATCATGCAGGAGAAAATATCACTCTTCATTTTGATATGACGAAATGTCATTTCTTTGATGCAGAAGCGGAAATAGCCAtt > 2:5622217/1‑140 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NZ_CP025268/1386470‑1386742 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |