Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,518,287 | C→T | P218S (CCC→TCC) | ydcT → | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,518,287 | 0 | C | T | 99.9% | 2538.1 / NA | 664 | P218S (CCC→TCC) | ydcT | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (344/319); minor base G (0/1); total (344/320) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 669 total aligned reads displayed.
GATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATA > NZ_CP025268/1518151‑1518422 | tGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcg > 2:2486914/1‑140 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACTGTCTCTCGGTATCACTTTGATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 2:7297562/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTCTCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 2:3297649/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 2:3936996/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 2:4089697/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 2:1862579/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 1:8736237/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 1:6192579/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 1:2778231/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGACGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcgcg < 1:10551067/140‑1 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ggCGGTTTTCAATACTGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCa < 1:7687191/140‑1 (MQ=255) ggCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCa < 1:1981351/140‑1 (MQ=255) gCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCAt < 2:9361729/140‑1 (MQ=255) ttCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACggg < 2:3118539/140‑1 (MQ=255) taatGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGGTGGTACATCGAATGGTTGTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCt > 1:6735336/1‑140 (MQ=255) taatGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCAATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTAGATGGACTGATGGCAGAGCAACTTTGGGGCATGACTGGAAGCt < 2:2227220/140‑1 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1:3743577/1‑140 (MQ=255) gCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTg > 1:9202345/1‑140 (MQ=255) cATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGc < 1:5732385/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:10099350/140‑1 (MQ=255) aGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCg > 2:450751/1‑140 (MQ=255) cAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGa < 1:4575332/140‑1 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCt > 1:10372283/1‑128 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACa > 2:292990/1‑140 (MQ=255) tCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACat > 1:6348299/1‑140 (MQ=255) tCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACat > 2:10149343/1‑140 (MQ=255) cGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCGCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACata > 2:5984590/1‑140 (MQ=255) | GATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTCGGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATA > NZ_CP025268/1518151‑1518422 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |