Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,534,757 | A→G | pseudogene (2037/2037 nt) | CXP41_RS08125 → | RHS repeat protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,534,757 | 0 | A | G | 99.9% | 3516.5 / NA | 1005 | pseudogene (2037/2037 nt) | CXP41_RS08125 | RHS repeat protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (217/786); minor base T (0/1); total (217/788) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1010 total aligned reads displayed.
TGTGGCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAAAGGCAAACTTGTCATTTTTTTAATTACCCTTTGTTTATTTGTTGTTTACCTTGGGTTTGATAACAATTCAAATTCTGACATCGTATTTTATGGACATAAAACACCAAAGAGCGTTGAGATATATCTTTCTGAA > NZ_CP025268/1534620‑1534890 | ggagATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCa < 1:10394112/137‑1 (MQ=255) ggCGATTTTTCTGCCAAATGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCa > 2:10570770/1‑140 (MQ=255) tGTAGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAAAAGCAGATAATCCAATAAAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACTTGTCATTTTTTTaa < 2:5592050/140‑1 (MQ=255) ggaGCGATGCATGTATTGAAAAATATAACACTGGGCAACTCTTCGGGTTAGATGGTATAACAGCAGATAATCCAATACAAGCAAAGCAAGGGAGTTCAGATGCTTCAAATTATTAGAGGCAAACGTGTCATTTTTTTAAt < 1:4923341/138‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |