Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,619,609 | T→C | intergenic (‑86/‑15) | sad ← / → yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,619,609 | 0 | T | C | 99.3% | 2344.9 / NA | 673 | intergenic (‑86/‑15) | sad/yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (410/258); minor base A (4/1); total (414/259) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 673 total aligned reads displayed.
CACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619472‑1619745 | cccGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAAt < 2:1687149/140‑1 (MQ=255) ggggCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 1:5764060/138‑1 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga > 1:6915616/1‑140 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 1:5580644/140‑1 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 2:3417184/140‑1 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 1:3707802/140‑1 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 1:2391081/140‑1 (MQ=255) gCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGaa < 2:5604210/140‑1 (MQ=255) gCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGaa < 1:11044568/140‑1 (MQ=255) gCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGaa < 1:2932001/140‑1 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aTTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGAc < 1:9187945/140‑1 (MQ=255) aTTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGAc < 1:4325782/140‑1 (MQ=255) aTTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGAc < 1:8559174/140‑1 (MQ=255) aTTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCATTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGAc < 2:651347/140‑1 (MQ=255) cATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCaa > 2:1860685/1‑140 (MQ=255) cATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCaa > 1:3530299/1‑140 (MQ=255) cATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACACaa > 1:7455843/1‑140 (MQ=255) aTGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAAc < 2:7008717/140‑1 (MQ=255) gTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGga > 2:3997378/1‑140 (MQ=255) gCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGAt > 1:7336947/1‑140 (MQ=255) gCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGAt > 2:10200131/1‑140 (MQ=255) aaTGGGCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAAAATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGTCCCACCTGGAGATGTTCAAcg > 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cGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGGTCAACGCGGTTGCCg > 2:8177655/1‑140 (MQ=255) gggTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCGCGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGaa > 1:502117/1‑140 (MQ=255) ggTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAg < 2:7681266/140‑1 (MQ=255) aTCTCCGTTATGAGTCATGGTATGAATAGACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGACTCGAGAATGCGATGGAGCTGACCGGACTGGAGGTGGTCAACGCGGGTGCCGGAGCTg > 2:7130067/1‑140 (MQ=255) ctcCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGgc > 1:1424720/1‑140 (MQ=255) cTTTATGAGTCATGGTGTGATGATACGCAGAGTTACGGTTGCTTTAATATGAATAATATTAAGCCAATTATTCACGTATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGgcagc > 2:2762961/1‑140 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1:4668730/1‑140 (MQ=255) cGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGc > 2:1148187/1‑140 (MQ=255) cGCAGAGTTACTCTTGCTTTCAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGGTGCCGAAGCTGGCCGCATAACCCAGGCTGCAGCAATAGTGc > 1:6073302/1‑140 (MQ=255) gCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATAGTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCa > 1:6289509/1‑140 (MQ=255) aTTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGACTGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATcgc > 2:11081457/1‑140 (MQ=255) aTTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATcgc > 1:9627773/1‑140 (MQ=255) aTTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATcgc > 2:2069696/1‑140 (MQ=255) ttGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGATAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTc < 2:3542219/140‑1 (MQ=255) gCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGaa > 2:4407848/1‑45 (MQ=255) gCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAATAGTGCATCGCGTGCCGTCGa > 2:1544823/1‑140 (MQ=255) gCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGa < 2:5743434/140‑1 (MQ=255) gCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGa > 1:1126773/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 2:3243187/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 1:7883268/1‑140 (MQ=255) | CACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619472‑1619745 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |