| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,804,700 | C→T | K39K (AAG→AAA) | rpmI ← | 50S ribosomal protein L35 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,804,700 | 0 | C | T | 98.4% | 1797.5 / NA | 497 | K39K (AAG→AAA) | rpmI | 50S ribosomal protein L35 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (303/183); minor base G (8/0); total (312/185) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 501 total aligned reads displayed.
CCATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCGC > NZ_CP025268/1804563‑1804836 | ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:366302/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:6488499/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 1:8595653/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:8500970/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTGAATTTTTGGCAttt > 1:8004495/1‑140 (MQ=255) gCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaata > 2:4224346/1‑140 (MQ=255) cAGGTGACGTTTACGGTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAATACCTGGTTTACCGGTTTTTGTGAAGCGCTTAGCAGCTCCGCGTAGGGGCTTAATTTTTGGCTTTTtaataa > 1:1964534/1‑140 (MQ=255) aGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAAc < 2:10051899/140‑1 (MQ=255) acgtttacgtttGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAATCCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCa < 2:9754723/140‑1 (MQ=255) acgtttacgtttGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCa < 1:6179762/140‑1 (MQ=255) ttACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTc < 1:7581994/140‑1 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg < 2:6375999/140‑1 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg < 1:4576566/140‑1 (MQ=255) | CCATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCGC > NZ_CP025268/1804563‑1804836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |