Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,482,126 | G→A | V82V (GTG→GTA) | dsdX → | D‑serine transporter DsdX |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,482,126 | 0 | G | A | 99.4% | 2650.2 / NA | 704 | V82V (GTG→GTA) | dsdX | D‑serine transporter DsdX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (385/312); minor base C (3/1); total (390/314) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 704 total aligned reads displayed.
AGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTGTCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCCT > NZ_CP025268/2481989‑2482261 | gCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTAGTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGAGACTGGGAAAAATGCTGGAAGTATcc > 1:6701638/1‑140 (MQ=255) cttcttCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCg > 1:1875543/1‑140 (MQ=255) tcGTGGGGACGATGATGGGCATGGGGCCACTGTAGATGGTAAGTGAGATTGCTAGTGGTAGTGGCGGAACGCTGGGGTTGCTGGCAGCGGTTATCGGCCTTGGGACGTTACGGGGATAAATGTTGGTAGTATCCGGGGcg > 2:11341721/1‑139 (MQ=255) tcGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGcc < 2:9808848/140‑1 (MQ=255) tcGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGcc < 1:1596747/140‑1 (MQ=255) tcGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGcc > 2:3612455/1‑140 (MQ=255) ggAACGCTGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga < 1:6285123/140‑1 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga > 1:5807122/1‑140 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga > 2:2009199/1‑140 (MQ=255) ggAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCaga > 1:1349750/1‑140 (MQ=255) gAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCagaa > 2:10322090/1‑140 (MQ=255) aCGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCagaaag > 1:8986129/1‑140 (MQ=255) atgatgGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAAt < 2:7378853/140‑1 (MQ=255) atgatgGGCATGGGGCCACTGGAGATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAAt < 1:8047883/140‑1 (MQ=255) tgatgGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAACGATGGAAGTATCCGGGGCCGCagaaagaagt > 2:274272/1‑138 (MQ=255) tgGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGt < 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cACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCaa > 1:8202969/1‑140 (MQ=255) cACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCGGGGGTTCCTCGCAGCGGTTCTCGGCCTTGGCACGATCCTGGGCAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGacccgtcca > 2:4700378/1‑133 (MQ=255) aCTGGATATGGTAAATGCTATTGAACTTGGAATTGTCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGTTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAAc > 2:1326641/1‑140 (MQ=255) aCTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAAc > 2:7048027/1‑140 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg < 1:6117236/140‑1 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGGTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg < 2:7902622/140‑1 (MQ=255) cTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGGTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACg < 1:10189586/140‑1 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGcc > 2:6327786/1‑140 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGcc > 1:10525970/1‑140 (MQ=255) tatGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGcc > 1:230353/1‑140 (MQ=255) atGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCg > 1:6585103/1‑140 (MQ=255) atGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCg < 2:11158165/140‑1 (MQ=255) tGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGTCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGc < 2:4586846/140‑1 (MQ=255) tGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGc < 1:4390310/140‑1 (MQ=255) tGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGc > 2:6034839/1‑140 (MQ=255) tGGAAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGACTTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGc < 1:9625998/140‑1 (MQ=255) tAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTgg > 1:8888135/1‑140 (MQ=255) tAAATGCTATTGAAAGAGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATAGGTCTGACACTTCAACTCTGCCGCTgg > 1:7220741/1‑140 (MQ=255) aaaTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGc > 1:2105280/1‑140 (MQ=255) aaTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCt < 1:979586/140‑1 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATTGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAATAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 2:8968558/1‑140 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 1:10324634/1‑140 (MQ=255) aTGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCtt > 1:3268991/1‑140 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aGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGt > 2:6693518/1‑140 (MQ=255) aGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTAGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGt < 1:9326478/140‑1 (MQ=255) ggAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGt < 2:8341680/131‑1 (MQ=255) ggAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGt < 2:3499098/131‑1 (MQ=255) ggAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGt > 1:3499099/1‑131 (MQ=255) aaTTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTa < 2:5716211/140‑1 (MQ=255) aaTTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTa < 2:1628513/140‑1 (MQ=255) aTTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTAt < 2:9707052/140‑1 (MQ=255) tGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTCTCGGCCTTGGCACGCTACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATgg > 2:8736362/1‑140 (MQ=255) cGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGc < 2:648537/140‑1 (MQ=255) aaCGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTgg < 2:5404796/140‑1 (MQ=255) aaCGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTgg < 2:9854689/140‑1 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(MQ=255) tgatgGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTCGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTg < 1:10056068/140‑1 (MQ=255) gatgGTAGTATCCGGTGCCTCAGAAAGAATTTGTCTGACACTTCAACGCTGCATCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTTGCAGCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGa < 2:1484571/140‑1 (MQ=255) atgGAAGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTAAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCGGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGAt < 2:1890758/140‑1 (MQ=255) aaGTATCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTAGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCct < 2:3699961/140‑1 (MQ=255) | AGCTTCTTCGTGGGAACGATGATGGGCATGGGGCCACTGGATATGGTAAATGCTATTGAAAGTGGAATTGGCGGAACGCTGGGGTTCCTCGCAGCGGTTATCGGCCTTGGCACGATACTGGGAAAAATGATGGAAGTGTCCGGGGCCGCAGAAAGAATTGGTCTGACACTTCAACGCTGCCGCTGGCTTTCAGTTGATGTCATTATGGTGCTGGTTGGCCTGATTTGTGGCATCACGCTGTTTGTTGAAGTGGGCGTCGTGCTATTGATTCCT > NZ_CP025268/2481989‑2482261 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |