Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 255,488 | G→A | R20C (CGT→TGT) | pepD ← | cytosol nonspecific dipeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 255,488 | 0 | G | A | 99.9% | 3036.9 / ‑5.8 | 795 | R20C (CGT→TGT) | pepD | cytosol nonspecific dipeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (396/397); minor base T (1/0); total (397/398) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 795 total aligned reads displayed.
TACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACGGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACA > NZ_CP025268/255353‑255624 | tACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGAtt < 2:8779445/140‑1 (MQ=255) gCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGc < 1:3893151/140‑1 (MQ=255) gCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGc > 1:3450422/1‑140 (MQ=255) gCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGc < 1:814240/140‑1 (MQ=255) gCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGc > 1:1980939/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 1:1315560/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCa > 1:829707/1‑140 (MQ=255) ggTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCaa < 2:9170760/140‑1 (MQ=255) tACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGTAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCcac < 1:4806503/140‑1 (MQ=255) tACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCcac < 1:10153241/140‑1 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ccaacAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGAc < 2:6638077/102‑1 (MQ=255) ccaacAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCa > 2:3787582/1‑140 (MQ=255) ccaacAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCa < 1:9294677/140‑1 (MQ=255) ccaacAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACACGCa > 2:10251195/1‑140 (MQ=255) acaaTGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCaaaa < 2:7934274/140‑1 (MQ=255) aaTGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGTATAGTACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGcgagacg > 2:439842/1‑134 (MQ=255) 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1:6148058/1‑140 (MQ=255) ggTGAGGACTAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt < 1:4063813/140‑1 (MQ=255) ggTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt < 2:2060792/140‑1 (MQ=255) ggTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt < 2:7143052/140‑1 (MQ=255) ggTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt < 1:7893259/140‑1 (MQ=255) ggTGAGGAATAGAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt < 1:1164630/140‑1 (MQ=255) 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1:3338647/140‑1 (MQ=255) gAACAGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc > 1:7563714/1‑140 (MQ=255) | TACCTGCGGTAGCAGGTTTACGAATCAGGATATTACCTACCTGATCGCGTTCGACATGGAAACCTTTCTCTTTTGCCCAACCAACAATGTATTCAGCGAGTTGCTCTTCATGATAGGACGGGTGAGGAATAGAACGGATTTTGGCAAAAATATCCCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACA > NZ_CP025268/255353‑255624 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |