| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,792,259 | A→G | pseudogene (1841/2252 nt) | CXP41_RS24390 → | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,792,259 | 0 | A | G | 99.8% | 1806.5 / NA | 515 | pseudogene (1841/2252 nt) | CXP41_RS24390 | alpha‑amylase family glycosyl hydrolase |
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Only 100 of 515 total aligned reads displayed.
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2:3428849/1‑140 (MQ=255) aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCAt > 1:3781137/1‑140 (MQ=255) aaCGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCAt > 2:284596/1‑140 (MQ=255) cGACTGAAATTACAAATTATGATGGGTCCACGCGTTTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCATCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCAttt < 1:9161855/140‑1 (MQ=255) aCTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGGTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGa < 2:4373750/140‑1 (MQ=255) aaaTTAAAAATTATGATGGGTCCACTCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGAAAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTAGAGGgt > 2:6016263/1‑140 (MQ=255) aagtATGCTGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAAGAAAGGTTGCTCGACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGACTATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGc < 2:9452383/137‑1 (MQ=255) aaTTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGc < 2:4750505/140‑1 (MQ=255) aaTTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGc < 2:533866/140‑1 (MQ=255) ttATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCaa > 2:2472757/1‑140 (MQ=255) cACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTc < 2:3922073/140‑1 (MQ=255) cACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTc < 1:9859153/140‑1 (MQ=255) cgcgTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTg < 2:9682779/140‑1 (MQ=255) cgcgTGTCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTGGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAAGTCCACTCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGAATTTGAGGTTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTg < 2:1225731/140‑1 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCttt > 2:9852235/1‑140 (MQ=255) tCGGCGGTGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCttt > 2:11060890/1‑140 (MQ=255) gcggTGAGGCGTAGCTTAAGAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCATCTCTACAACGAATTCCACGAATTATCTATAGATAAAGCAGGACTATTGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGACCTTGCCTTTAGt < 2:825091/140‑1 (MQ=255) tGAGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTGTCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCAtt < 1:7632242/63‑1 (MQ=255) aGGCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTggg > 1:8420206/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTgggg < 1:10301111/140‑1 (MQ=255) gCGTAGCTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGa < 1:6338741/140‑1 (MQ=255) | GATGAACAATTAGCAATGGCATATATAGCCGCTCTGCCGTTCAGCAGGCCTTTAGTTTACTGGGATGGCCAAGTATTAAAATCAACGACTGAAATTAAAAATTATGATGGGTCCACGCGTGTCGGCGGTGAGGCGTAACTTAATAAAGGTTGCTCTACCTATCAGCAGCTCTACAATGAATTCCACGCATTATATATAGATAAAGCAGGAATATGGAGCGCATTTGAGGGTGTATCTGCAACTAAAAACGTTCTGGCCTTTAGTCGTGGGGATT > NZ_CP025268/2792122‑2792395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |