Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 2,843,404 | A→T | intergenic (‑120/‑140) | ascG ← / → ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 2,843,404 | 0 | A | T | 99.2% | 2191.0 / NA | 594 | intergenic (‑120/‑140) | ascG/ascF | DNA‑binding transcriptional regulator AscG/PTS cellobiose/arbutin/salicin transporter subunit IIBC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (336/251); minor base G (0/5); total (338/256) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 595 total aligned reads displayed.
TCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAATCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAA > NZ_CP025268/2843268‑2843538 | cAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCAct < 1:629622/140‑1 (MQ=255) cAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCAct < 2:5397610/140‑1 (MQ=255) cAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCAct < 1:1374096/140‑1 (MQ=255) gCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAATTCActct < 2:771678/140‑1 (MQ=255) 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1:8872439/1‑140 (MQ=255) ataAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATa > 1:1918771/1‑140 (MQ=255) taAAAAATGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATaa < 2:4437304/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTGAACAATTCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAAc > 1:5257804/1‑140 (MQ=255) | TCCAGCATCGTCGTCATCATTTTCATCCCTTTACACGCAATCAACGCAGTGTACTGCACCGTTTGCCGATTGTCCTTGCACAATCGGCGGGAAAAATATTCAGGTGACCGGTTTCACAAATATAAAAAATGAACAAATCACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAA > NZ_CP025268/2843268‑2843538 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |