| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,985,593 | T→C | *279* (TAA→TAG) | kduI ← | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,985,593 | 0 | T | C | 99.2% | 2535.7 / ‑6.1 | 735 | *279* (TAA→TAG) | kduI | 5‑dehydro‑4‑deoxy‑D‑glucuronate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (380/348); minor base A (5/1); total (386/349) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 735 total aligned reads displayed.
GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCT > NZ_CP025268/2985456‑2985729 | tCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCAAAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAg > 2:4831630/1‑140 (MQ=255) cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCaaa > 1:4274714/1‑140 (MQ=255) cccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCaaa > 1:3012838/1‑140 (MQ=255) ccGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAAt < 1:5782819/140‑1 (MQ=255) cGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATc > 2:8385256/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCtt > 1:10536430/1‑140 (MQ=255) cTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCtt > 1:592094/1‑140 (MQ=255) gcgcCTTCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTaa < 2:2617931/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTaa < 2:693236/140‑1 (MQ=255) gcCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACg < 1:9119163/140‑1 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tccagtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTAAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAAACTATAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTg > 1:28667/1‑140 (MQ=255) gtATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGttt > 1:3351324/1‑140 (MQ=255) cacaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCAc < 2:5088568/140‑1 (MQ=255) cacaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTGATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCAc < 2:3134407/140‑1 (MQ=255) acaACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCcaca < 2:80279/108‑1 (MQ=255) caACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAACTCGCGCAAATCGTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCTCCg > 1:10917890/1‑140 (MQ=255) 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tCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGgag < 1:4688209/140‑1 (MQ=255) tCGTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGgag > 1:654563/1‑140 (MQ=255) gTTTATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGAt > 2:5490647/1‑140 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTgg < 2:4079169/101‑1 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTg < 1:10229262/100‑1 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCa > 1:11251809/1‑140 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCa > 2:7891916/1‑140 (MQ=255) ttATGCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCa > 1:3630360/1‑140 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGTTAAAGGGATTAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc > 1:8279479/1‑140 (MQ=255) gCCCACAACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGc < 1:2318567/140‑1 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGc > 2:1097966/1‑140 (MQ=255) acaACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCAATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGc > 2:599295/1‑140 (MQ=255) caACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGGTCACCGCCTGCt < 2:9111782/140‑1 (MQ=255) caACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCt > 2:11370786/1‑140 (MQ=255) caACTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCt > 1:7547207/1‑140 (MQ=255) | GTCACAGCCCGCTTGCGCCAGCCCCAACGCCATCCCCTGACCCAGTCCAGTATCACAACCAGTGACGACCGCAACTTTACCTTCGAGAGAAAATGCACTTAAAATCATAACAATACCTTATTCGTTTATGCCCACAATTAGCGCAAATCTTTAACGGCCACATGGTCCATATCATCAAAGACCTGGTTTTCACCGACCATGCCCCAGATAAAGGTATAAGCTTTGGTTCCGACACCGGAATGGATCGACCAGCTCGGGGAGATCACCGCCTGCT > NZ_CP025268/2985456‑2985729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |