| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,090,561 | C→T | intergenic (+397/‑27) | metK → / → galP | methionine adenosyltransferase/galactose/proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,090,561 | 0 | C | T | 99.2% | 1474.5 / ‑5.4 | 397 | intergenic (+397/‑27) | metK/galP | methionine adenosyltransferase/galactose/proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (352/41); minor base G (3/0); total (356/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:664520/1‑140 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 2:3087855/1‑140 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGAGTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:9680519/1‑140 (MQ=255) aTTCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCGTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTa > 1:8520909/1‑140 (MQ=255) tCACAATAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGCCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAAt > 2:10384249/1‑140 (MQ=255) caataaAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCTCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGc > 1:508866/1‑140 (MQ=255) caataaAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTga > 2:6021183/1‑139 (MQ=255) caataaAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGc > 1:1833966/1‑140 (MQ=255) caataaAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGc > 1:9226204/1‑140 (MQ=255) | GTTTAATCTATGATGATATAACTCAATTATTTTCATGCACTTAAATCATAACTAAGATAAATGTTAGTGTAAGCGATTACACTGATGTGATTTGCTTCACATCTTTTTACGTCGTACTCACCTATCTTAATTCACAACAAAAAATAACCATATTGGAGGGCATCATGCCTGACGCTAAAAAACAGGGGCGGTCAAACAAGGCAATGACGTTTTTCGTCTGCTTCCTTGCCGCTCTGGCGGGATTACTCTTTGGCCTGGATATCGGTGTAATTGC > NZ_CP025268/3090424‑3090697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |