| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 3,098,977 | A→G | *97* (TAA→TAG) | yggU → | DUF167 family protein YggU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,098,977 | 0 | A | G | 99.5% | 1285.7 / NA | 377 | *97* (TAA→TAG) | yggU | DUF167 family protein YggU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (145/230); minor base T (0/2); total (145/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
GTGAAGTTTCTCGGTAAGCAATTCCGGGTTGCCAAAAGCCAGGTGGTGATTGAAAAAGGCGAACTTGGCCGCCACAAACAAATTAAAATCATTAATCCGCAACAAATCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAAGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTGAAGAAACCGGC > NZ_CP025268/3098840‑3099113 | tGAAGTTTCTCGGTAAGCAATTCCGGGTTGCCAAAAGCCAGGTGGTGATTGAAAAAGGCGAACTTGGCCGCCACAAACAAATTAAAATCATTAATCCGCAACAAATCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTa > 1:5424452/1‑140 (MQ=255) aaGTTTCTCGGTAAGCAATTCCGGGTTGCCAAAAGCCAGGTGGTGATTGAAAAAGGCGAACTTGGCCGCCACAAACAAATTAAAATCATTAATCCGCAACAAATCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATc > 1:8687036/1‑140 (MQ=255) aGTTTCTCGTTAAGCAATTCCGGGTTGCCAAAAGCCAGGTGGTGATTGAAAAAGGCGAACTTGGCCGCCACAAACAAATTAAAATCATTAATCCGCAACAAATCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATcc < 2:11160531/140‑1 (MQ=255) aGTTTCTCGGTAAGCAATTCCGTGTTGCCAAAAGCCAGGTGGTGATTGAAAAAGGCGAACTTGGCCGCCACAAACAAATTAAAATCATTAATCCGCAACAAATCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATcc < 2:450760/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCt < 2:3237490/140‑1 (MQ=255) tCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCt < 2:5788596/140‑1 (MQ=255) gacAGAAATCGCTGCGTTAATTTATTAGGTATCCTATGCAAAATGTTGTACTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGATGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTATTGATATAGTGGCCCAAACAGACCTCGGc < 2:3588956/138‑1 (MQ=255) gCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGc < 1:4669872/140‑1 (MQ=255) cAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGt > 2:4073518/1‑140 (MQ=255) cgcgTCTTTAAATAATTAGGTATCCTATTCAAAAAGTTTTCCTCGCAACCGGCAATGTAGGTATAGTGCGTGATCTGGAGTCGCTGCTTATCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGAGTTGATTcc < 2:7330945/140‑1 (MQ=255) cgcgGCGTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCTACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTcc < 2:8375919/140‑1 (MQ=255) cgcgGCGTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTcc > 1:5855522/1‑140 (MQ=255) gcggcgTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCg < 1:6594992/140‑1 (MQ=255) gcgTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAANAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTg < 1:6009464/140‑1 (MQ=255) gTTAATTAATTAGGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTgaa > 2:864045/1‑140 (MQ=255) attaattagGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTGAAGaaa < 2:2255373/140‑1 (MQ=255) attaattagGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTGAAGaaa < 1:11376984/140‑1 (MQ=255) attaattagGTATCCTAAGCTAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGACTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTgaagaca < 2:11429839/140‑3 (MQ=255) ttagGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTGAAGAAACCGGc > 2:5567804/1‑140 (MQ=255) ttagGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCGTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTGAAGAACCCGGc > 1:6271785/1‑140 (MQ=255) | GTGAAGTTTCTCGGTAAGCAATTCCGGGTTGCCAAAAGCCAGGTGGTGATTGAAAAAGGCGAACTTGGCCGCCACAAACAAATTAAAATCATTAATCCGCAACAAATCCCGCCAGAAATCGCGGCGTTAATTAATTAAGTATCCTATGCAAAAAGTTGTCCTCGCAACCGGCAATGTCGGTAAAGTGCGTGAGCTGGCGTCGCTGCTTAGCGACTTCGGTCTTGATATCGTGGCCCAAACAGACCTCGGCGTTGATTCCGCTGAAGAAACCGGC > NZ_CP025268/3098840‑3099113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |