Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,269,697 | G→A | G200S (GGT→AGT) | yhaC → | YhaC family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 3,269,697 | 0 | G | A | 99.1% | 426.1 / NA | 113 | G200S (GGT→AGT) | yhaC | YhaC family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (57/55); minor base T (0/1); total (57/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACAT > NZ_CP025268/3269564‑3269830 | tctGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCaa > 2:1517749/1‑140 (MQ=255) ttACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACaaaa > 1:6679600/1‑140 (MQ=255) aCGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACg > 2:5069468/1‑140 (MQ=255) aCGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTAGTTCAACACAAAACg > 2:176479/1‑140 (MQ=255) 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TCTGGACTTACGTAATGTCGATTTAGATTATTATGATTTCACAGATAAACATATGGCTAATACTATTTTAAATCCTTTTAAATTGAATTCAACAAATTTTACTAATGCCAACATGTTTCAGGTTAATTTTGTTGGTTCAACACAAAACGCCACAATCTCCTGGGATTATTTACTAAAAATAACGCCTGTTTTAATAAGCATTAGCGATATGTATTCTGAAGAAAAAATCAAGTTTGTCGAAAGTTGTTTAAATGAGCCTGGAGACAT > NZ_CP025268/3269564‑3269830 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |