Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,304,165 | G→A | T280I (ACC→ATC) | mdtO ← | multidrug efflux transporter permease subunit MdtO |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 4,304,165 | 0 | G | A | 99.6% | 2634.5 / NA | 693 | T280I (ACC→ATC) | mdtO | multidrug efflux transporter permease subunit MdtO |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (373/315); minor base C (0/3); total (375/318) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.70e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 693 total aligned reads displayed.
CATCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGGTTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCG > NZ_CP025268/4304029‑4304301 | cATCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGAttt > 1:1007716/1‑140 (MQ=255) cATCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGAttt > 2:4176106/1‑140 (MQ=255) tCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCt > 2:7432644/1‑140 (MQ=255) aCCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAg < 2:6212721/140‑1 (MQ=255) cccAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGc > 1:2525370/1‑140 (MQ=255) gTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAt > 2:3561703/1‑140 (MQ=255) ttGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAAtt > 2:10802170/1‑140 (MQ=255) aacaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTg > 2:1659906/1‑140 (MQ=255) acaacGTCTGGCAGATATTCTCCGGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGt > 2:8250294/1‑140 (MQ=255) acaacGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGt < 2:11209430/140‑1 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ggCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCa > 1:7654291/1‑140 (MQ=255) cAGCTATTCTCCAGGATACAGTCCCTTGCCGCCATCGCGTCACAGTCCCTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGAACTGCCCGTCAGGAACGGCTTGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTATTGCCTGACTTCaat < 2:11050780/140‑1 (MQ=255) tcCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTg > 1:1058472/1‑140 (MQ=255) tcCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTg > 2:5478886/1‑140 (MQ=255) aGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTCTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTgaga < 2:7725284/140‑1 (MQ=255) ttACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATc < 2:5307539/140‑1 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ccgccATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTg < 1:1076497/140‑1 (MQ=255) cgccATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTgg > 1:517060/1‑140 (MQ=255) cATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGAt < 1:8797368/140‑1 (MQ=255) cTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAg < 1:6940848/140‑1 (MQ=255) cTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAg < 1:10954019/140‑1 (MQ=255) cTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAg < 1:3056089/140‑1 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tGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGTCATGCTGCAGCTTGATGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTAc < 1:11352267/140‑1 (MQ=255) tGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTAc < 1:5909569/140‑1 (MQ=255) cAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGt < 1:10440523/140‑1 (MQ=255) gACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACg < 1:5580812/140‑1 (MQ=255) aCCTTCAGCACCGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCACAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGc > 2:2924658/1‑140 (MQ=255) aCCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAGGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGc > 2:6852432/1‑140 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2:9265674/1‑140 (MQ=255) cAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTGACCGTTGCCACGCAGCTTTGc < 2:5637110/140‑1 (MQ=255) aCGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCCAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGcca > 2:8513327/1‑140 (MQ=255) aCGGCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGt < 2:8618503/101‑1 (MQ=255) cGGCATGCTGCATCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGACTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccac < 2:3374267/140‑1 (MQ=255) ggCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGccacc > 1:3311584/1‑140 (MQ=255) ggCATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTGTGccacc > 2:9743746/1‑140 (MQ=255) cATGCTGCAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAAGTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCAt < 1:1165787/140‑1 (MQ=255) cAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGtttt < 1:361377/140‑1 (MQ=255) cAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGtttt > 1:11099180/1‑140 (MQ=255) cAGCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGtttt > 2:5094162/1‑140 (MQ=255) gCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCTTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGa > 2:1925725/1‑140 (MQ=255) gCTTGTTGATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGa > 1:1737472/1‑140 (MQ=255) tgttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGtt > 2:10373354/1‑140 (MQ=255) tgttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGtt < 1:8250295/140‑1 (MQ=255) ttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCg < 1:1427019/140‑1 (MQ=255) ttgATTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCg > 1:4308954/1‑140 (MQ=255) | CATCTGACCCAGTTGTAACAACGTCTGGCAGATATTCTCCAGGTTACATTCCCGTGCCGCCATCGCTTCACTTTCACTGATCCGCCAGTCGCTTTGCCAGCACTGACCTTCAGCAACGGCATGCTGCAGCTTGTTGGTTTCTGAAGCTAATTTTTGTCGGAATTCAATAATTGCCTGAGAATCAGCAAAAGAGGTGGGATCGTAGCGATTCAGCGTCGAGTAAATGTAGGTTACCGTTGCCACGCAGCTTTGCCACCATGCGTTTTGAGTTCG > NZ_CP025268/4304029‑4304301 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |