Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,435,089 | T→C | *287* (TAA→TAG) | qorB ← | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,435,089 | 0 | T | C | 99.5% | 1418.7 / NA | 409 | *287* (TAA→TAG) | qorB | NAD(P)H:quinone oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (253/154); minor base A (1/1); total (254/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 435 total aligned reads displayed.
TAACAGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAATTAGTTATTAACATTAAAAAGATGGCTTACGCTTTCGGCTAACGTTGTCGTTGGGTGGCCAATCAATTTGCTAAGTGTTTTGCTGTCATCAAACAGACCGCCTTTCGATGCGCCAACGTCAGAATCCGCCAGCATAT > NZ_CP025268/4434952‑4435225 | tAACAGGGCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAattaacta < 1:8770089/140‑1 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTCATTAACTAGttatta > 2:4021479/1‑140 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta > 1:4547996/1‑140 (MQ=255) gCGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGttatta < 1:5053566/140‑1 (MQ=255) cGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTaa > 2:6519453/1‑140 (MQ=255) cGTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTaa > 1:7427297/1‑140 (MQ=255) cGTACAGCACGCCGCTAATCAGTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGGTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCCGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTCATTAACTAGttattat > 2:5796217/1‑139 (MQ=255) gTACAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTTTAATTAACTAGTTATTAAc > 1:9372274/1‑140 (MQ=255) cAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGTTCTGTCAGAAGAAAGTTCTGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCATTATCAGAGCGGATGCGGGAGGATGCCACTTTCATTAACTAGTTATTAACAtt < 2:3800456/140‑1 (MQ=255) cAGCACGCCGCTAATCATTACTGGCATCCATTGATCTGTCAGAAGAAAGTTCAGGAAGCAGACATGATTGCTCCCGGCATCCCGTCTTTATCCGAGAGGATGCGGGAGGATGCCACTGTAATTAACTAGTTATTAACAtt > 1:11388587/1‑140 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |